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- PDB-4osu: Crystal structure of HCMV gB-neutralizing SM5-1 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4osu
タイトルCrystal structure of HCMV gB-neutralizing SM5-1 Fab fragment
要素
  • SM5-1 Fab Heavy Chain
  • SM5-1 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Immune response / HCMV neutralization / HCMV glycoprotein B
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Diestel, U. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the recognition of human cytomegalovirus glycoprotein B by a neutralizing human antibody.
著者: Spindler, N. / Diestel, U. / Stump, J.D. / Wiegers, A.K. / Winkler, T.H. / Sticht, H. / Mach, M. / Muller, Y.A.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: SM5-1 Fab Heavy Chain
L: SM5-1 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,82911
ポリマ－47,4612
非ポリマー3689
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.645, 92.645, 124.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-416-

HOH

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要素

#1: 抗体 SM5-1 Fab Heavy Chain


分子量: 24878.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 SM5-1 Fab Light Chain


分子量: 22583.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→46.32 Å / Num. all: 45559 / Num. obs: 43280 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
mxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.282 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23462 2278 5 %RANDOM
Rwork0.18916 ---
obs0.1914 43280 99.86 %-
all-45558 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.279 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 23 382 3641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0471.9564726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.395463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24424.545121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53315540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2731511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8850.6561789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4410.9742243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6170.7721663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.2078.3875528
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.917 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 163 -
Rwork0.229 3097 -
obs--98.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.31644.79796.94542.42051.86493.55950.12240.5898-0.79210.09250.1407-0.26630.24620.3684-0.26310.07750.0676-0.00280.076-0.01340.303146.9179.86857.63
22.8890.47510.46611.21320.23141.24890.0246-0.1528-0.10950.1654-0.0133-0.08670.07870.1089-0.01130.06310.0137-0.01210.07050.02280.220339.54417.94862.915
38.5516-5.01883.652511.4881-12.346114.94420.0903-1.17790.31061.59960.42360.046-1.53360.0511-0.51390.47-0.0431-0.10220.3859-0.11210.378750.31928.5571.872
40.2751-0.28-0.25940.42050.18830.3704-0.00160.0394-0.0784-0.1042-0.088-0.07420.1436-0.04770.08960.1710.01470.03320.1299-0.00860.321133.1019.80144.469
51.5976-1.17530.18492.3168-1.50456.49240.1130.3591-0.003-0.6219-0.5785-0.60821.14720.81310.46550.31650.19630.18410.29040.0690.478131.8611.75629.21
60.82490.1856-0.31643.2253-0.528822.69040.14620.1622-0.2809-0.5138-0.3609-0.27052.55510.2310.21470.52830.12970.13050.0881-0.04090.394426.876-4.76932.663
71.2079-1.0738-0.26711.59471.15065.80660.105-0.0410.2569-0.11840.1213-0.0725-0.7468-0.0948-0.22630.12040.0140.08370.0830.01530.323648.37936.22947.226
81.09250.0812-0.14471.49070.64622.82660.03050.01820.07950.01930.1216-0.1372-0.04830.139-0.15210.01570.01980.03480.0945-0.01340.253254.31428.73448.06
90.826-0.7339-2.46840.83182.74119.1180.03030.01570.0548-0.0374-0.02130.0092-0.1281-0.1755-0.0090.09480.03460.02960.13810.01570.299945.57828.95143.561
1011.4629.0777-0.46768.52140.74131.4826-0.00440.50770.410.01550.03410.41230.0425-0.135-0.02970.03010.01510.00990.1941-0.03020.278626.49715.44123.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2H11 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3H102 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4H117 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5H152 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6H217 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7L1 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8L34 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9L94 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10L114 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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