PDB-4o2d: Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from Mycobacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o2d

タイトル

Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from Mycobacterium smegmatis with bound aspartic acid

要素

Aspartate--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / mycobaterium / structural genomics / tRNA synthetase / AspS / AspRS / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-tRNAAsn ligase / aspartate-tRNA(Asn) ligase activity / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2013年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Data collection
改定 1.3	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o2d.cif.gz	426.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o2d.ent.gz	348.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o2d_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o2d_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	4o2d_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	4o2d_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 1eqrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nmu-2 5ce3-2 4ci6-d 3o5n-d 1za7-d 7ka2-d 7k9x-d 3dfn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.00145.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate--tRNA ligase

B: Aspartate--tRNA ligase

ヘテロ分子

136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.400, 135.170, 157.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	0 - 801
2	0	1	0	B	0 - 801

#1: タンパク質	Aspartate--tRNA ligase / Aspartyl-tRNA synthetase / AspRS 分子量: 67633.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084/ mc(2)155 / 遺伝子: aspS, MSMEG_3003, MSMEI_2928 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QWN3, aspartate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Na Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→42.72 Å / Num. all: 51452 / Num. obs: 51363 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.5 Å² / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3761 / R_sym value: 0.499 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EQR

1eqr

解像度: 2.6→42.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 18.72 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24361	2559	5 %	RANDOM
R_work	0.19548	-	-	-
obs	0.19785	48854	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8163	0	50	234	8447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	8402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	7764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.959	11441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1	3	17740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.121	5	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.649	23.069	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.733	15	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.526	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.449	2.119	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.437	2.115	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.413	3.164	5461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.414	3.165	5462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.535	2.198	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.533	2.198	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.397	3.256	5980
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.675	16.825	9151
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.675	16.831	9152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27853 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	187	-
R_work	0.267	3561	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6554	0.0743	0.7778	1.5665	-0.7302	3.1322	0.0712	-0.635	0.0985	0.1125	0.0525	0.2063	0.0351	-0.0785	-0.1236	0.2943	-0.0465	-0.0352	0.0771	0.0012	0.107	79.4067	-14.0912	56.3511
2	0.4717	-0.5259	0.6061	1.4052	-2.1326	6.1542	0.0413	-0.1316	0.0382	0.0936	-0.001	-0.0632	-0.136	-0.0875	-0.0403	0.2236	-0.0346	0.0017	0.0794	-0.0216	0.097	93.3211	2.3229	35.3839
3	4.6528	-0.8951	1.6108	1.7617	-1.6701	4.9708	-0.0013	-0.0967	0.1369	0.0074	-0.0752	-0.1878	-0.1285	0.3939	0.0765	0.205	0.0218	0.0344	0.0598	-0.0236	0.093	102.1509	7.6853	18.3382
4	0.8979	1.0095	0.3196	4.1062	1.405	1.1656	0.0585	-0.117	0.1153	0.2786	-0.0131	-0.2758	0.0376	0.2996	-0.0455	0.209	0.0267	-0.0423	0.1905	-0.0349	0.1497	93.1696	36.4891	34.1803
5	1.003	0.0635	-1.1962	1.3699	0.2239	4.4966	0.1045	-0.018	0.3132	-0.1811	0.0309	-0.2287	-0.3863	0.5322	-0.1354	0.1911	0.0057	0.0132	0.1273	0.0061	0.1957	99.8745	20.612	12.8057
6	10.2649	-2.2073	-0.8243	1.2408	-0.1741	1.2091	0.0374	-0.0634	0.083	-0.0368	-0.0994	-0.4711	0.0588	0.538	0.062	0.2785	0.0071	-0.0225	0.2545	0.0006	0.2923	109.3849	1.1163	36.0942
7	5.0253	0.0001	0.7174	1.6364	-0.6467	4.9983	-0.0112	0.0962	-0.0299	-0.1658	0.0473	0.3025	0.1148	-0.9496	-0.0361	0.2528	0.0066	-0.0175	0.24	-0.0055	0.0635	83.3085	10.9295	-10.9045
8	1.5277	0.8212	-0.7902	1.8109	-1.9794	5.8847	-0.0026	0.2467	-0.1214	-0.2777	-0.0089	-0.0872	1.167	-0.0246	0.0116	0.409	0.0382	-0.0348	0.0617	-0.036	0.0888	94.4426	-3.9491	14.2665
9	4.4673	1.7267	-1.3492	2.5948	-1.7678	4.426	-0.0042	0.0238	-0.2172	-0.2437	-0.1693	-0.2721	0.7743	0.4071	0.1735	0.3748	0.1242	-0.0423	0.0558	-0.0038	0.0616	102.461	-6.8552	29.5727
10	2.593	-1.0907	0.1396	3.0886	-0.3614	3.9567	0.2819	0.2199	-0.5244	-0.462	-0.1879	-0.0715	1.8863	0.2164	-0.094	1.411	-0.0067	-0.1133	0.0816	-0.0576	0.2281	93.7252	-29.2008	17.3422
11	1.0411	-0.6763	3.0613	1.4351	-1.5122	10.0979	0.1848	0.1079	-0.102	-0.3849	-0.0042	-0.3631	1.2061	0.6317	-0.1807	1.0374	0.2075	0.144	0.1183	0.0789	0.5193	103.2896	-25.9104	31.0135
12	0.9277	-0.3739	0.0026	0.5838	-1.0227	3.1493	0.1227	0.0369	0.0092	-0.208	-0.2544	-0.1732	0.6315	0.8772	0.1317	0.5254	0.1225	-0.0146	0.2771	-0.018	0.1681	105.4161	-10.1172	28.0574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	170 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	238 - 447
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	448 - 544
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	545 - 580
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	111 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	170 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	238 - 429
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	430 - 486
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	487 - 580

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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