PDB-4nq8: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nq8

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from Bordetella bronchispeptica (bb3421), target EFI-510039, with density modeled as pantoate

要素

Putative periplasmic substrate-binding transport protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nq8.cif.gz	350.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nq8.ent.gz	290.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nq8_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nq8_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	4nq8_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	4nq8_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o8m-5 4mhf-d 4xfe-d 3l3z-d 5imx-d 4pdd-3 3b65-d 5lmb-1 3fuz-2 4pdh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510039

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative periplasmic substrate-binding transport protein

B: Putative periplasmic substrate-binding transport protein

ヘテロ分子

74.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative periplasmic substrate-binding transport protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative periplasmic substrate-binding transport protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.004, 56.352, 75.609
Angle α, β, γ (deg.)	99.210, 92.010, 106.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative periplasmic substrate-binding transport protein 分子量: 37031.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: RB50 / 遺伝子: BB3421 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7WGZ0, UniProt: A0A0H3LPK2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PAF / PANTOATE / 2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYL-BUTYRATE 分子量: 147.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (36.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (MCSG1(F10), 2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Tris); Cryoprotection (20% reservoir, 80% of 2.0 M Lithium Sulfate, Ligand Copurified ...詳細: Protein (36.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (MCSG1(F10), 2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Tris); Cryoprotection (20% reservoir, 80% of 2.0 M Lithium Sulfate, Ligand Copurified with Protein), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (36.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (MCSG1(F10), 2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Tris); Cryoprotection (20% reservoir, 80% of 2.0 M Lithium Sulfate, Ligand Copurified ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月8日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→74.37 Å / Num. all: 88845 / Num. obs: 88845 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.5-1.58	3.6	0.672	1.1	45517	12703	0.672	89.5
1.58-1.68	3.6	0.471	1.6	43716	12204	0.471	90.2
1.68-1.79	3.6	0.311	2.5	41108	11476	0.311	90.8
1.79-1.94	3.6	0.195	3.8	38537	10737	0.195	91.2
1.94-2.12	3.6	0.114	6.4	35578	9908	0.114	91.5
2.12-2.37	3.6	0.091	7.3	32138	8994	0.091	92.1
2.37-2.74	3.6	0.062	10.7	28976	8037	0.062	92.9
2.74-3.35	3.6	0.048	12.3	24560	6825	0.048	93.5
3.35-4.74	3.6	0.035	17.1	18971	5266	0.035	93.5
4.74-25.296	3.5	0.033	16.7	9420	2695	0.033	87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX	AUTOSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: Same crystal form solved by Iodine SAD phasing.

解像度: 1.5→25.296 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8815 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	4383	4.93 %	RANDOM
R_work	0.1579	-	-	-
obs	0.1593	88820	91.22 %	-
all	-	88820	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.17 Å² / B_iso mean: 21.9339 Å² / B_iso min: 7.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4550	0	32	711	5293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	6327
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.809	1723

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2834	135	0.2649	2717	2852	89
1.517-1.5349	0.2993	136	0.2722	2773	2909	90
1.5349-1.5536	0.3113	141	0.2654	2843	2984	90
1.5536-1.5733	0.2904	143	0.2452	2741	2884	89
1.5733-1.594	0.2822	137	0.2387	2755	2892	90
1.594-1.6158	0.2655	155	0.2319	2826	2981	90
1.6158-1.6389	0.2403	144	0.2093	2772	2916	90
1.6389-1.6633	0.2742	154	0.208	2739	2893	90
1.6633-1.6893	0.2053	150	0.19	2807	2957	91
1.6893-1.717	0.2045	151	0.1825	2792	2943	91
1.717-1.7466	0.232	132	0.1786	2811	2943	91
1.7466-1.7784	0.2114	147	0.1665	2798	2945	91
1.7784-1.8126	0.1847	152	0.1604	2805	2957	91
1.8126-1.8495	0.1552	132	0.1567	2807	2939	91
1.8495-1.8898	0.2396	163	0.1853	2798	2961	91
1.8898-1.9337	0.2728	148	0.2174	2837	2985	92
1.9337-1.982	0.1739	149	0.1583	2775	2924	91
1.982-2.0356	0.1628	142	0.1323	2861	3003	92
2.0356-2.0955	0.164	132	0.1289	2830	2962	91
2.0955-2.1631	0.1619	120	0.1316	2914	3034	92
2.1631-2.2403	0.2029	142	0.1644	2769	2911	92
2.2403-2.33	0.1799	139	0.176	2849	2988	92
2.33-2.4359	0.1727	167	0.1376	2860	3027	93
2.4359-2.5643	0.19	147	0.1375	2881	3028	93
2.5643-2.7247	0.1751	141	0.1455	2859	3000	93
2.7247-2.9348	0.1744	143	0.1522	2891	3034	94
2.9348-3.2296	0.1948	141	0.1473	2908	3049	93
3.2296-3.6957	0.1621	162	0.1382	2846	3008	94
3.6957-4.6515	0.1172	165	0.1212	2873	3038	93
4.6515-25.2999	0.1781	173	0.1578	2700	2873	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5135	-0.5124	0.0856	1.8421	-0.1039	0.4856	0.0233	0.0505	-0.011	-0.1759	-0.026	-0.252	0.0523	0.1266	0.0028	0.1585	0.0195	0.0256	0.1294	-0.012	0.1698	4.6666	29.9265	12.5872
2	0.5792	0.2238	-0.2147	0.9923	-0.3194	1.351	-0.0399	0.0403	-0.0238	-0.1087	0.0455	0.1259	0.0741	-0.1623	0.0008	0.1256	-0.001	-0.0053	0.1313	-0.0046	0.1351	-9.881	33.2822	14.0023
3	0.5295	-0.0327	0.1371	1.2634	-0.1285	0.7332	-0.0011	-0.0675	0.0107	0.1364	0.0269	0.0942	-0.0465	-0.1007	-0.0215	0.1018	0.0115	0.0176	0.1165	0.0021	0.1054	-9.0196	45.1221	26.106
4	0.3915	-0.4885	0.0593	1.9398	0.2533	0.62	0.0262	0.0007	-0.0704	0.0449	0.0008	-0.1629	0.0689	0.0684	-0.02	0.0946	0.0061	0.0012	0.0949	-0.0007	0.1229	2.2811	32.5546	22.5867
5	0.7331	0.0915	-0.3416	0.879	-0.2204	1.0213	0.059	-0.1066	0.0614	0.2298	-0.0209	0.1012	-0.0979	-0.099	-0.0303	0.199	0.0109	0.0054	0.1784	-0.0074	0.1357	-11.6171	49.3966	35.4236
6	5.0049	-0.7576	0.184	2.3012	0.1407	2.9371	0.0238	-0.6424	0.0239	0.5096	0.0031	0.0734	0.1651	0.2138	-0.0501	0.292	-0.0208	0.0292	0.2634	0.0711	0.1754	-11.7733	32.4135	41.838
7	0.879	0.623	-0.2022	1.1611	0.137	0.7505	0.0359	0.0384	-0.0496	0.089	0.0193	-0.3292	-0.0878	0.1719	-0.0268	0.1451	-0.0158	-0.0282	0.1678	0.004	0.201	11.1248	55.9542	3.7368
8	0.3456	0.101	-0.1905	1.2284	-0.01	1.3052	-0.0157	0.0286	0.1037	0.1362	0.0513	0.0545	-0.2286	-0.1964	-0.0292	0.1543	0.0271	0.0093	0.1363	-0.0002	0.1361	-3.7097	59.2231	2.0335
9	0.8141	0.2567	0.2324	0.7508	-0.232	1.201	-0.0183	0.1706	0.0465	-0.0791	0.0406	0.0188	-0.0723	-0.0811	-0.0083	0.1334	0.0009	0.0109	0.1821	0.0101	0.101	-4.2313	53.9155	-14.2567
10	0.9431	0.3744	0.3923	0.8959	-0.2871	0.7588	0.0126	0.15	0.1204	-0.0757	0.0797	0.1991	0.0081	-0.4517	-0.0521	0.1056	-0.009	0.0045	0.3203	0.0314	0.1777	-17.4378	48.0686	-9.5388
11	0.7247	0.2066	-0.0307	0.5292	-0.1992	1.2218	-0.0102	0.0191	0.0477	0.034	0.0114	0.0533	0.036	-0.1101	-0.0039	0.1078	0.0002	-0.005	0.1251	-0.0048	0.1089	-4.8669	46.8103	-3.6482
12	1.1388	1.4928	0.1684	3.3497	0.385	1.3233	-0.0251	0.1081	-0.1045	0.0396	0.0594	-0.2727	-0.0285	0.2308	-0.055	0.1281	0.0026	-0.0072	0.1813	-0.0053	0.175	8.6241	49.329	-8.3328
13	0.6126	0.109	0.2951	1.3413	-0.8131	1.5797	-0.0485	0.0564	-0.0104	-0.1765	0.1883	0.1703	0.2405	-0.3702	-0.1531	0.1937	-0.0293	-0.0221	0.2631	0.0304	0.1332	-13.2365	46.7686	-20.2733
14	3.6053	0.0333	0.2938	2.5285	0.158	2.9499	0.2084	0.4974	0.07	-0.4199	0.0012	0.116	-0.234	0.0793	-0.1982	0.2636	0.0182	-0.0042	0.3218	0.0916	0.1779	-5.6868	61.3324	-25.8603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 64 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 98 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 231 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 232 through 284 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 285 through 311 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 312 through 325 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 64 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 65 through 98 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 99 through 163 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 164 through 191 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 192 through 249 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 250 through 285 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 286 through 311 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 312 through 325 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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