PDB-4n4u: Crystal structure of ABC transporter solute binding protein BB071...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n4u

タイトル

Crystal structure of ABC transporter solute binding protein BB0719 from Bordetella bronchiseptica RB50, TARGET EFI-510049

要素

Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n4u.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n4u.ent.gz	206.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n4u_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n4u_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	4n4u_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	4n4u_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/4n4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/4n4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cex-3 5p6r-d 5p0u-d 5qbe-d 4y5n-d 2rfd-2 6rsv-d 3pmy-d 5dq1-d 2bbs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510049

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

B: Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.568, 68.532, 153.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.367686, -0.096368, 0.924943), (-0.306009, 0.926687, 0.218195), (-0.87816, -0.363268, 0.311241)	5.5078, 39.44881, 67.34068

#1: タンパク質	Putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein / ABC TRANSPORTER PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN 分子量: 35600.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: RB50 / 遺伝子: BB0719 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7WPG5, UniProt: A0A0H3LMU1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PROTEIN IN 10 MM HEPES, PH 7.5, 150 MM SODIUM CHLORIDE, 5% GLYCEROL, RESERVOIR: 0.1M BIS-TRIS:HCL, 28% PEG2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 168537 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 20.18 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.57→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.95 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2661	3 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.177	85398	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4622	0	6	489	5117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.967	6586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	10901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.47	5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.091	23.889	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.14	15	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.529	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.658	1.61	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.658	1.61	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.031	2.694	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.031	2.694	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.911	2.155	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.911	2.155	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.196	3.359	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.584	8.941	5970
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.508	8.099	5679
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	193	-
R_work	0.281	6168	-
obs	-	-	98.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9021	-0.5028	0.0399	1.4776	0.1374	0.1426	0.0735	0.1337	0.0722	-0.1179	-0.0779	-0.1108	-0.013	-0.0114	0.0044	0.132	-0.0015	0.0077	0.0785	0.001	0.0123	15.3854	67.8014	34.5251
2	2.3856	0.0547	-0.4597	1.291	-0.6481	1.3578	-0.0198	0.4795	-0.2754	-0.1577	-0.0874	-0.0461	0.2477	0.1692	0.1072	0.2572	0.0303	-0.0024	0.3054	-0.0444	0.0354	23.8005	37.1476	5.135

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 326
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 326

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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