PDB-4mco: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mco

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Rhodoferax ferrireducens (Rfer_1840), target EFI-510211, with bound malonate

要素

TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP periplasmic solute binding family / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodoferax ferrireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Zhao, S. / Stead, M. / Washington, E. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mco.cif.gz	558 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mco.ent.gz	469.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mco_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mco_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	4mco_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	4mco_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jdb-d 1llp-d 3gn6-3 6ssy-1 4o8m-6 5gto-d 5u41-2 2efu-3 1rtc-d 5y1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510211

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

C: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

114 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.108, 97.107, 133.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit / TRAP periplasmic solute binding protein 分子量: 37821.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodoferax ferrireducens (バクテリア) 株: T118 / 遺伝子: Rfer_1840 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q21XD7
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM malonate, reservoir: MCSG1 G7 (0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350), cryoprotectant: 4:1 50% PEG8000:reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月23日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→78.433 Å / Num. all: 128663 / Num. obs: 128663 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.69	5.8	0.689	1.1	107972	18559	0.689	100
1.69-1.79	6.5	0.49	1.6	114379	17643	0.49	100
1.79-1.91	6.7	0.335	2.3	110513	16571	0.335	100
1.91-2.07	6.9	0.206	3.8	105947	15454	0.206	100
2.07-2.26	7	0.137	5.6	100425	14264	0.137	100
2.26-2.53	7.3	0.097	7.9	93889	12922	0.097	100
2.53-2.92	7.3	0.07	10.7	84055	11471	0.07	100
2.92-3.58	7.3	0.047	14.8	70925	9768	0.047	100
3.58-5.06	7.1	0.034	18.8	54314	7623	0.034	100
5.06-133.027	6.8	0.027	22	29746	4388	0.027	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→32.702 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.9052 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1806	6454	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1487	-	-	-
all	0.1503	128550	-	-
obs	0.1503	128550	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.98 Å² / B_iso mean: 20.9272 Å² / B_iso min: 4.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7308	0	51	1404	8763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.218	10121
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1102
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.848	2846

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6-1.6182	0.2507	226	0.2202	4004	4230
1.6182-1.6372	0.2418	206	0.2118	4058	4264
1.6372-1.6572	0.2275	224	0.1994	3973	4197
1.6572-1.6782	0.2318	217	0.1884	4037	4254
1.6782-1.7002	0.2544	222	0.1906	4012	4234
1.7002-1.7235	0.2461	180	0.1824	4064	4244
1.7235-1.7482	0.2471	202	0.1755	4025	4227
1.7482-1.7742	0.2213	213	0.175	4047	4260
1.7742-1.802	0.2208	198	0.1701	4042	4240
1.802-1.8315	0.2118	212	0.1633	4078	4290
1.8315-1.8631	0.1958	189	0.1574	4036	4225
1.8631-1.897	0.1923	194	0.1611	4033	4227
1.897-1.9334	0.2091	208	0.1605	4064	4272
1.9334-1.9729	0.2234	198	0.162	4055	4253
1.9729-2.0158	0.2089	225	0.1576	4047	4272
2.0158-2.0627	0.1928	220	0.1533	4052	4272
2.0627-2.1143	0.1989	223	0.1513	4038	4261
2.1143-2.1714	0.1843	224	0.1428	4013	4237
2.1714-2.2353	0.1797	201	0.1386	4098	4299
2.2353-2.3074	0.1581	210	0.1335	4082	4292
2.3074-2.3899	0.1777	195	0.1335	4081	4276
2.3899-2.4855	0.1444	231	0.1333	4059	4290
2.4855-2.5986	0.1741	230	0.1373	4057	4287
2.5986-2.7355	0.1754	228	0.1381	4078	4306
2.7355-2.9068	0.1621	230	0.1428	4087	4317
2.9068-3.1311	0.1758	228	0.1465	4109	4337
3.1311-3.4459	0.1708	197	0.1414	4131	4328
3.4459-3.9438	0.1343	226	0.134	4142	4368
3.9438-4.966	0.1516	235	0.1272	4174	4409
4.966-32.7085	0.1843	262	0.1539	4320	4582

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0566	-0.1741	0.0777	0.5094	-0.4307	1.9803	0.1382	-0.2593	-0.1027	0.4555	-0.0051	-0.1672	0.076	-0.0931	0.3193	0.2964	-0.0431	-0.1104	0.1189	0.0308	0.1236	24.8783	43.0919	79.0362
2	0.6799	-0.0819	-0.0142	0.8437	-0.1109	0.4246	-0.0369	-0.0261	-0.1243	0.2089	-0.0179	-0.3701	0.044	0.0296	-0.0478	0.1308	0.0111	-0.0904	0.0548	0.0443	0.2459	26.1495	34.2619	67.9218
3	0.6535	0.0918	0.0894	0.8147	-0.0395	0.5463	0.0152	0.0228	-0.122	0.0511	0.0323	0.0275	0.0374	-0.0577	-0.0296	0.0848	-0.0008	-0.0045	0.0563	0.0081	0.0986	14.0687	36.6594	60.1138
4	0.4426	0.2493	0.074	0.7214	-0.0731	0.3839	-0.0021	-0.0093	-0.0558	0.0767	0.0126	-0.116	-0.0094	0.0187	-0.0277	0.0964	0.0101	-0.0137	0.0655	0.0136	0.0994	20.5369	44.6399	61.7123
5	0.7653	-0.4339	0.3396	1.3857	-1.1025	1.17	0.015	-0.1894	-0.0019	0.4982	-0.0428	0.0281	-0.1005	-0.1099	-0.0662	0.2807	-0.0308	0.0002	0.1133	0.023	0.0822	15.6536	42.0417	76.5606
6	0.8648	0.2642	0.2019	1.7464	0.6764	0.8397	-0.0571	0.1018	0.0991	-0.1134	0.0038	0.5337	-0.0233	-0.1823	0.004	0.1069	-0.0058	-0.03	0.126	0.0229	0.1825	4.4168	45.3061	54.136
7	2.0524	0.187	-0.5589	1.0376	-0.4292	1.1948	0.0218	-0.0337	-0.2301	-0.022	0.0206	0.1932	0.0287	-0.0296	-0.0725	0.1282	-0.0238	0.0091	0.074	0.0019	0.2337	6.2233	26.1553	59.3717
8	1.6496	-0.3749	0.4356	1.8823	-0.3911	2.406	0.0373	-0.1245	0.2464	0.0719	-0.0252	-0.0351	-0.1364	-0.0657	0.0004	0.0583	-0.003	0.0255	0.1053	-0.0284	0.0894	-6.3657	36.7954	17.765
9	1.2362	-0.1546	-0.3299	0.3468	0.1149	0.8537	0.0375	0.0023	0.0394	-0.0082	-0.0397	0.0344	-0.0548	-0.06	0.0131	0.0619	-0.0051	0.0116	0.0771	-0.0123	0.0671	-3.7186	31.2736	10.5287
10	1.222	-0.1277	-0.1369	0.4261	-0.0149	0.7837	-0.0573	-0.2046	-0.1793	0.0873	0.0202	0.0042	0.0794	0.0631	0.0153	0.0899	0.0062	0.0154	0.1109	0.0281	0.0729	4.8871	22.1997	17.0515
11	0.7976	0.0352	-0.0551	0.8458	-0.6796	2.037	0.009	-0.1628	0.1416	0.1398	0.0834	-0.0143	-0.2962	0.1255	-0.095	0.104	-0.0026	0.0224	0.1257	-0.0447	0.1088	5.6653	37.6519	15.5256
12	0.7525	0.5884	0.248	0.58	0.6313	1.7496	-0.1148	-0.3398	-0.2466	0.1889	0.1377	-0.1421	0.1038	0.3959	0.065	0.1669	0.0824	-0.0201	0.3138	0.0847	0.1647	18.3591	17.0241	22.5865
13	1.6134	0.3289	-0.0081	0.7181	-0.1097	0.8249	-0.0645	-0.0233	-0.1702	0.0156	0.0979	-0.0221	0.1187	0.2011	-0.0033	0.0981	0.0082	0.0445	0.1472	-0.0499	0.1377	15.5391	17.4286	3.1733
14	0.7975	-0.1238	-0.0939	1.7314	-0.0982	0.7147	0.0171	-0.0001	0.2	0.1058	0.0521	-0.0287	-0.135	-0.0601	-0.0506	0.1041	-0.0021	0.0353	0.1019	0.0405	0.1182	21.1014	-6.185	47.2266
15	0.9156	0.0007	-0.6199	1.3667	-0.7868	2.5898	-0.0199	0.2473	-0.017	-0.1352	0.0372	0.0453	0.0794	-0.2711	-0.0346	0.0971	0.0023	0.0032	0.2015	0.0343	0.0985	15.1397	-12.3544	33.1181
16	0.1441	0.0645	-0.1037	0.2356	-0.0133	0.3637	0.0384	0.1966	0.0928	-0.1758	-0.0505	-0.0402	0.0414	-0.0062	-0.0187	0.15	0.0283	0.0455	0.1835	0.0509	0.0788	27.7119	-14.146	29.1567
17	0.9554	0.0235	-0.076	0.4347	-0.4139	0.8183	0.0928	0.3526	-0.0744	-0.3097	-0.0318	-0.1148	0.1609	0.0253	0.2031	0.173	0.0206	0.0852	0.1745	0.0587	0.0828	33.3445	-19.4711	30.5998
18	0.4425	-0.0402	-0.1338	0.7857	-0.2374	0.4102	0.0027	0.1267	-0.0548	-0.1388	0.0204	0.0005	0.1034	-0.0359	-0.0363	0.1193	-0	0.026	0.1207	0.0226	0.0907	26.5737	-22.9468	37.8812
19	0.4893	-0.235	0.1149	2.1252	-0.5285	0.599	0.0264	0.0155	0.0879	0.251	-0.0296	-0.071	-0.0419	0.0519	0.0088	0.1066	-0.0185	0.0383	0.1215	0.0383	0.1352	32.1312	-10.2101	45.2747
20	0.9598	-0.0061	-0.1769	0.5046	-0.1817	1.4991	0.0538	0.1261	-0.0904	-0.21	-0.091	-0.2083	0.0772	0.2136	-0.0107	0.2316	0.0623	0.0975	0.1651	0.0209	0.222	42.1551	-30.2484	33.4982
21	0.6227	0.2584	-0.2919	0.4256	-0.0755	0.3818	0.042	0.1304	0.0958	-0.0812	-0.0666	-0.0524	0.0081	-0.0945	0.0513	0.2206	0.0599	0.1187	0.2878	0.1125	0.132	41.325	-14.0353	20.5768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 62 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 119 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 187 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 257 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 258 through 292 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 293 through 314 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 315 through 345 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 45 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 46 through 119 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 120 through 257 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 258 through 293 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 294 through 314 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 315 through 344 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 28 through 71 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 72 through 88 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 89 through 119 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 120 through 187 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 188 through 257 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 258 through 292 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 293 through 314 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 315 through 345 )	C

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)