PDB-4ln5: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ln5

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (Bamb_6123), TARGET EFI-510059, with bound glycerol and chloride ion

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ln5.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ln5.ent.gz	105.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ln5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ln5_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ln5_full_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示
XML形式データ	4ln5_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	4ln5_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4ln5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4ln5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC 2pfyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pdh-d 4pdd-2 2vpo-1 1g9x-1 6vov-1 4n8y-1 4n15-d 4pdd-1 4n17-d 4b2c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-5100059 TargetTrack: EFI-510059

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.098, 97.340, 58.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-528- HOH
2	1	A-609- HOH
3	1	A-630- HOH
4	1	A-655- HOH

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 38344.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (バクテリア) 株: AMMD / 遺伝子: Bamb_6123 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0B2F6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: Protein (16.23 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT), Reservoir (0.8 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 32%(w/v) PEG 4000 (MCSG1 C9)), Cryoprotection (20% ...詳細: Protein (16.23 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT), Reservoir (0.8 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 32%(w/v) PEG 4000 (MCSG1 C9)), Cryoprotection (20% Reservoir, 80% of 50% PEG3350), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

結晶化

温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: Protein (16.23 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT), Reservoir (0.8 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 32%(w/v) PEG 4000 (MCSG1 C9)), Cryoprotection (20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→68.386 Å / Num. all: 16289 / Num. obs: 16289 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.136 / R_sym value: 0.136 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.1-2.21	6.8	0.668	1.2	16018	2341	0.668	100
2.21-2.35	7.4	0.526	1.5	16347	2217	0.526	100
2.35-2.51	7.4	0.381	2	15429	2085	0.381	99.9
2.51-2.71	7.4	0.293	2.6	14419	1956	0.293	100
2.71-2.97	7.4	0.189	4.1	13278	1802	0.189	100
2.97-3.32	7.3	0.125	6.1	12017	1640	0.125	100
3.32-3.83	7.2	0.082	9	10434	1452	0.082	100
3.83-4.7	7	0.066	10.6	8680	1241	0.066	100
4.7-6.64	6.9	0.062	10.7	6829	984	0.062	99.9
6.64-58.115	6.4	0.049	12.1	3632	571	0.049	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PFY

2pfy

解像度: 2.1→48.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8553 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2199	820	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1542	-	-	-
all	0.1574	16269	-	-
obs	0.1574	16269	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.8 Å² / B_iso mean: 25.7937 Å² / B_iso min: 8.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2336	0	8	182	2526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	3254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	356
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.637	901

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.2316	0.253	143	0.1824	2528	2671	100
2.2316-2.4039	0.2714	147	0.1761	2529	2676	100
2.4039-2.6458	0.2494	124	0.1804	2565	2689	100
2.6458-3.0286	0.265	150	0.1713	2532	2682	100
3.0286-3.8155	0.2129	128	0.1459	2605	2733	100
3.8155-48.67	0.1664	128	0.1311	2690	2818	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1645	0.1975	0.0662	0.2395	0.0299	0.1878	-0.0912	0.0941	-0.328	-0.1524	-0.012	-0.1127	0.2914	-0.152	-0.0219	0.1919	-0.0427	0.0063	0.1583	-0.0266	0.1679	11.6035	21.4047	3.1897
2	0.1905	0.1032	-0.0329	0.0573	-0.0202	0.0083	-0.0923	0.2124	0.1012	-0.134	0.0855	0.0176	-0.0993	-0.0242	0.0008	0.1493	0.066	-0.0021	0.1317	-0.0079	0.099	15.4102	35.5015	-3.3892
3	0.057	-0.0502	-0.0081	0.0324	0.0106	0.0188	-0.0406	0.0761	0.0729	-0.0246	-0.0177	0.0678	-0.1227	0.0337	0	0.1329	0.013	-0.0351	0.0859	-0.0125	0.1244	14.3831	39.7537	6.0626
4	0.1333	-0.22	-0.0427	0.4055	-0.0869	0.3496	-0.0298	-0.0583	0.116	0.0932	-0.0515	-0.0428	-0.0681	0.0766	0.0001	0.1312	0.01	-0.0157	0.118	0.0032	0.1313	22.9522	39.1894	14.2651
5	0.1509	0.0363	0.026	0.0774	-0.0797	0.0969	-0.0175	0.2026	0.3132	0.1344	-0.0491	-0.1286	0.0359	0.19	0.0008	0.1405	-0.0204	-0.024	0.2079	0.0391	0.1663	31.6712	42.8681	3.1041
6	0.0505	0.0008	-0.0151	0.0116	0.0173	0.0189	-0.0844	0.1874	-0.137	-0.1084	-0.0968	-0.1047	0.0721	0.0957	-0.0013	0.1515	0.0242	0.0063	0.1734	0.0459	0.1417	33.7088	33.9033	6.339
7	0.1398	0.0565	-0.0596	0.1772	-0.2695	0.3066	-0.038	0.069	0.0857	-0.0145	-0.0548	-0.0044	0.0103	0.0646	-0.081	0.0716	0.0161	-0.0226	0.1756	-0.0073	0.1229	21.0706	33.5993	7.6527
8	0.1544	0.0073	-0.2228	0.4998	0.1542	0.5799	-0.0949	-0.1184	0.0507	0.2261	-0.0158	0.0417	0.2416	-0.0417	-0.2583	0.1674	0.0606	-0.0045	0.1026	0.0416	0.1414	17.7967	23.8253	13.4113
9	0.122	0.0555	-0.0924	0.0749	-0.1019	0.1796	-0.0668	-0.1583	0.0913	-0.0146	-0.1908	-0.1425	-0.2597	0.259	-0.0202	0.2792	-0.0311	-0.1171	0.2739	0.0037	0.239	32.7804	44.8646	18.8069
10	0.0224	0.0307	-0.0387	0.0414	-0.0512	0.0665	-0.0342	-0.0484	0.0466	0.1741	-0.0704	0.1626	-0.0907	-0.1995	0.0434	0.3682	0.1021	0.0552	0.0139	-0.1898	-0.0949	12.9311	48.2408	22.0256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 65 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 82 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 106 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 173 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 174 through 201 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 202 through 216 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 217 through 249 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 250 through 284 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 285 through 311 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 312 through 328 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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