PDB-4lkc: An Antibody Against the C-terminal Domain of PCSK9 lowers LDL Cho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lkc

タイトル

An Antibody Against the C-terminal Domain of PCSK9 lowers LDL Cholesterol Levels in vivo

要素

(Fab fragment of PCSK9 antibody) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Antibody / PCSK9

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schiele, F. / Nar, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: An Antibody against the C-Terminal Domain of PCSK9 Lowers LDL Cholesterol Levels In Vivo.
著者: Schiele, F. / Park, J. / Redemann, N. / Luippold, G. / Nar, H.

履歴

登録	2013年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月4日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lkc.cif.gz	188.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lkc.ent.gz	148.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/4lkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/4lkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k8rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hr5-1 6dwa-1 6wrp-d 4xcc-d 5jor-1 1q9l-1 5tdo-2 3g6j-4 5vzr-1 5mv3-5 5mv3-2 1ruq-d 4xbg-1 6azm-2 5dlm-1 2hwz-d 4r96-4 5mv3-8 1mcp-d 1ru9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab fragment of PCSK9 antibody

B: Fab fragment of PCSK9 antibody

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.062, 62.338, 84.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: 抗体	Fab fragment of PCSK9 antibody 分子量: 23248.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab fragment of PCSK9 antibody 分子量: 24877.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 12.6% PEG 3350, 0.01 M spermine tetrahydrochloride, 0.0126 M trisodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0003 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→92.06 Å / Num. obs: 25422 / B_iso Wilson estimate: 26.44 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.9.5 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→25.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9387 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8751 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2451	1278	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1716	-	-	-
obs	0.1752	25209	99.99 %	-
all	-	25422	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.062 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.5578 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4959 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.228 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3336	0	0	513	3849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	3415	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	4647	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1124	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		71	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		504	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3415	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.37
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.52
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		451	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4112	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.29 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	141	5.01 %
R_work	0.1894	2676	-
all	0.1913	2817	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4073	-0.0686	-0.1854	0.4918	-0.4851	1.7213	0.0427	0.0522	-0.0211	-0.0475	-0.0473	0.0244	-0.0069	0.0097	0.0046	-0.0652	0.0215	-0.0225	-0.0347	-0.0057	-0.0405	18.2167	12.427	13.3941
2	0.8239	-0.0118	-0.3656	0.4944	-0.2465	1.1425	-0.0295	-0.0567	0.1748	0.0385	0.0235	0.0012	0.0029	0.024	0.0059	-0.0744	0.0059	-0.0353	-0.0776	-0.0215	-0.013	32.8209	7.7214	22.7676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|214 }	A	2 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|229 }	B	1 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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