PDB-4f47: The Structure of Enoyl-CoA hydratase EchA19 from Mycobacterium marinum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f47

タイトル

The Structure of Enoyl-CoA hydratase EchA19 from Mycobacterium marinum

要素

Enoyl-CoA hydratase EchA19

キーワード

LYASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f47.cif.gz	107.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f47.ent.gz	80.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f47_validation.pdf.gz	415.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f47_full_validation.pdf.gz	415.7 KB	表示
XML形式データ	4f47_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	4f47_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiSC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qxi-d 3zql-1 6wyi-1 3rsi-d 5du8-d 4hc8-2 3zql-2 4jjt-d 4nnq-d 2f6q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MymaA.01530.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase EchA19

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase EchA19

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.440, 76.440, 73.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-330- HOH
2	1	A-489- HOH
3	1	A-493- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase EchA19 分子量: 29802.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: echA19, MMAR_5002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HI06
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20mg/ml MymaA.01530.e.A1, 200mM potassium citrate, 20% PEG 3350, cryoprotection 20% ethylene glycol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 25435 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 22.522 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.75-1.8		0.268	3.64	6698	1841	99
1.8-1.84		0.255	4.22	7487	1797	100
1.84-1.9		0.223	4.99	7606	1758	99.9
1.9-1.96		0.185	5.96	7755	1716	100
1.96-2.02		0.147	7.19	7854	1666	100
2.02-2.09		0.134	8.58	7865	1592	100
2.09-2.17		0.117	10.05	8289	1576	99.9
2.17-2.26		0.121	11.74	9479	1503	100
2.26-2.36		0.115	12.82	9776	1441	99.9
2.36-2.47		0.103	14.63	10065	1382	99.8
2.47-2.61		0.108	15.19	10174	1297	99.8
2.61-2.77		0.102	16.64	10591	1235	99.8
2.77-2.96		0.101	19.14	12060	1194	100
2.96-3.2		0.095	21.43	11341	1100	100
3.2-3.5		0.09	23.12	10260	1001	99.9
3.5-3.91		0.082	24.94	9226	924	99.5
3.91-4.52		0.085	26.09	7923	813	98.9
4.52-5.53		0.084	25.4	6700	704	99.7
5.53-7.83		0.082	25.11	5326	558	100
	7.83	0.069	25.46	2979	337	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3RSI

3rsi

解像度: 1.75→38.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.2071 / WR_factor R_work: 0.1749 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8904 / SU B: 3.699 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1107 / SU R_free: 0.1065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2063	1295	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1763	25435	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.26 Å² / B_iso mean: 16.9398 Å² / B_iso min: 7.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	-0.46 Å²	0 Å²
2-	-	-0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1778	0	0	225	2003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.976	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.943	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.571	23.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.575	15	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.887	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	362

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	91	-
R_work	0.185	1623	-
all	-	1714	-
obs	-	-	98.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0534	-0.298	-0.2199	1.1389	0.0598	0.8428	0.0007	0.016	-0.2083	0.014	-0.0309	0.0298	0.0721	0.0097	0.0302	0.046	0.0116	0.0014	0.0255	-0.0034	0.0801	11.3631	20.2555	20.8007
2	0.6654	0.0674	0.101	0.4175	-0.0269	0.1096	0.011	0.0805	-0.0517	-0.0274	-0.0117	-0.0166	0.0364	0.0067	0.0007	0.0588	0.0045	0.0077	0.0676	-0.0042	0.0284	4.3982	33.5511	18.4216
3	3.3918	-0.0694	-1.5927	1.1594	0.3651	1.9175	-0.0491	0.0103	-0.0257	0.0292	-0.0045	-0.0891	-0.0851	0.0738	0.0537	0.0183	-0.0011	-0.0198	0.0709	0.0121	0.051	31.6378	41.2819	22.9981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	127 - 244
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	245 - 274

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関連情報:EMDBヘッダ

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