PDB-3zql: DNA-bound form of TetR-like repressor SimR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zql

タイトル

DNA-bound form of TetR-like repressor SimR

要素

5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'
5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'
PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

キーワード

PROTEIN-DNA COMPLEX / ANTIBIOTIC RESISTANCE / TETR-LIKE PROTEINS / TRANSCRIPTIONAL REGULATION / STREPTOMYCES

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Le, T.B.K. / Schumacher, M.A. / Lawson, D.M. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of the Tetr Family Transcriptional Repressor Simr Bound to DNA and the Role of a Flexible N-Terminal Extension in Minor Groove Binding.
著者: Le, T.B.K. / Schumacher, M.A. / Lawson, D.M. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.

履歴

登録	2011年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zql.cif.gz	435.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zql.ent.gz	354.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/3zql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/3zql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y2zS 2y30 2y31 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4f47-1 4uwk-d 5l3q-1 4uwg-d 3eps-1 4uwl-d 5xnh-d 3mzh-d 5enn-1 5uc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

B: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

C: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

D: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

E: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

F: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

G: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

H: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

142 kDa, 8 ポリマー
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1

C: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

D: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

G: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

H: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

ソフトウェアが定義した集合体
70.9 kDa, 4 ポリマー
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2

A: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

B: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

E: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

F: 5'-D(*DTP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*DCP *GP*AP*A)-3'

ソフトウェアが定義した集合体
70.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.788, 112.613, 163.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	7 - 241	7 - 241
2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	7 - 241	7 - 241
1	2	VAL	VAL	ASP	ASP	A	A	7 - 242	7 - 242
2	2	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	7 - 242	7 - 242
1	3	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	7 - 241	7 - 241
2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	7 - 241	7 - 241
1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	7 - 241	7 - 241
2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	7 - 241	7 - 241
1	5	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	7 - 242	7 - 242
2	5	VAL	VAL	ASP	ASP	D	D	7 - 242	7 - 242
1	6	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	7 - 241	7 - 241
2	6	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	7 - 241	7 - 241
1	7	DT	DT	DA	DA	E	E	1 - 17	1 - 17
2	7	DT	DT	DA	DA	F	F	1 - 17	1 - 17
1	8	DT	DT	DA	DA	E	E	1 - 17	1 - 17
2	8	DT	DT	DA	DA	G	G	1 - 17	1 - 17
1	9	DT	DT	DA	DA	E	E	1 - 17	1 - 17
2	9	DT	DT	DA	DA	H	H	1 - 17	1 - 17
1	10	DT	DT	DA	DA	F	F	1 - 17	1 - 17
2	10	DT	DT	DA	DA	G	G	1 - 17	1 - 17
1	11	DT	DT	DA	DA	F	F	1 - 17	1 - 17
2	11	DT	DT	DA	DA	H	H	1 - 17	1 - 17
1	12	DT	DT	DA	DA	G	G	1 - 17	1 - 17
2	12	DT	DT	DA	DA	H	H	1 - 17	1 - 17

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2 / SIMR / SIM16 分子量: 30240.215 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 3-216 / 由来タイプ: 組換発現詳細: SIMR HAS BEEN REFERRED TO BY TWO ALTERNATIVE NAMES ELSEWHERE. (1) SIMREG2 IN TREFZER ET AL. (2002) ANTIMICROB AGENTS CHEMOTHER, 46,1174-1182. (2) SIM16 IN GALM ET AL. (2002) ARCH MICROBIOL, 178,102-114. 由来: (組換発現) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア) 株: TU 6040 / プラスミド: PIJ10499 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9AMH9
#2: DNA鎖	5'-D(DTPTPCPGPTPAPCPGPCPCPGPTPAPDCP GPAPA)-3' 分子量: 5187.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS* (バクテリア)
#3: DNA鎖	5'-D(DTPTPCPGPTPAPCPGPGPCPGPTPAPDCP GPAPA)-3' 分子量: 5227.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS* (バクテリア)
配列の詳細	BEGINS AT RESIDUE 3 OF DATABASE ENTRY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.5 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT 200 MICROMOLAR AND DNA AT 200 MICROMOLAR WERE MIXED WITH 10% PEG 8000, 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE IN 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH6.5 IN A 1:1 RATIO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→92.78 Å / Num. obs: 31030 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 53.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.99→3.15 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y2Z

2y2z

解像度: 2.99→92.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 40.223 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IN REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25103	1576	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20954	-	-	-
obs	0.21159	29372	94.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→92.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7161	1382	0	0	8543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	8882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.222	1.911	12383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.093	3	13442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.593	5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.973	22.939	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.183	15	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.94	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9079
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7931	0.03
1	2	B	7931	0.03
2	1	A	8186	0.02
2	2	C	8186	0.02
3	1	A	7868	0.03
3	2	D	7868	0.03
4	1	B	7922	0.04
4	2	C	7922	0.04
5	1	B	7931	0.03
5	2	D	7931	0.03
6	1	C	7861	0.04
6	2	D	7861	0.04
7	1	E	1097	0.1
7	2	F	1097	0.1
8	1	E	1149	0.01
8	2	G	1149	0.01
9	1	E	1099	0.09
9	2	H	1099	0.09
10	1	F	1097	0.1
10	2	G	1097	0.1
11	1	F	1136	0.05
11	2	H	1136	0.05
12	1	G	1100	0.1
12	2	H	1100	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.99→3.068 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	115	-
R_work	0.373	2015	-
obs	-	-	95.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4894	3.9246	1.3542	5.038	2.9238	3.7257	-0.1693	0.3083	-0.0768	-0.4077	0.2048	-0.0922	-0.3777	-0.1461	-0.0354	0.6217	0.1006	-0.1728	0.4567	0.1162	0.3735	3.7404	-30.2081	8.1973
2	1.222	0.8729	2.1123	0.8413	1.4883	5.596	-0.0971	-0.0314	0.0774	-0.1321	0.0126	-0.1955	0.3575	0.5013	0.0844	0.2747	0.1055	-0.0083	0.331	-0.0252	0.325	12.8607	-13.736	16.9717
3	3.3268	1.0359	1.1408	1.7191	1.0134	0.7038	-0.0986	-0.3219	0.0965	0.1526	0.163	-0.0666	0.0822	0.042	-0.0643	0.4313	0.113	0.0079	0.5071	0.0256	0.2495	7.0781	-14.4463	35.7497
4	1.0625	0.4149	-0.8376	4.0815	-1.8192	2.1863	0.1601	-0.2054	0.218	0.1523	-0.0688	-0.0717	-0.1975	0.5576	-0.0914	0.2315	-0.0567	-0.001	0.5163	-0.0779	0.3616	18.1252	9.1274	28.9779
5	3.3946	-0.315	5.46	0.2214	-0.644	8.8873	-0.8356	0.23	0.498	-0.2985	0.0362	-0.2051	-0.9815	0.2613	0.7994	1.0012	-0.0305	0.0845	0.805	-0.0486	0.7208	6.7575	23.0458	14.1015
6	0.4232	0.02	0.4423	1.4446	-1.5056	8.2034	-0.0618	-0.1328	0.2019	0.071	0.0113	0.2274	-0.3129	-0.4348	0.0505	0.1773	0.0416	0.0905	0.2834	0.0023	0.4072	-2.5107	13.078	21.5597
7	0.7664	-0.3249	-0.8195	1.902	-0.2822	1.9205	0.0483	-0.1149	0.014	0.4268	0.1753	0.0812	0.0332	0.4946	-0.2236	0.308	-0.035	0.0522	0.5071	-0.0643	0.4624	10.1357	15.1071	32.972
8	1.1839	1.5898	0.397	4.3239	1.4786	1.7336	0.1067	-0.233	0.0229	0.2551	-0.025	0.1155	0.2482	-0.1035	-0.0817	0.2762	0.0084	0.0268	0.3921	0.0417	0.3615	0.7422	-7.5537	34.7163
9	3.6145	1.9979	2.1036	4.315	-0.1599	1.7743	0.3279	0.0954	-0.4187	0.0019	0.0037	-0.3364	0.3809	0.0302	-0.3315	0.4886	-0.0346	-0.0914	0.4302	0.0201	0.4959	-37.6746	-29.4482	19.6317
10	2.4912	-0.198	3.1958	1.8352	-0.2308	6.9028	0.102	0.0553	0.1276	-0.2663	-0.1823	-0.3562	0.2909	0.4815	0.0803	0.2632	0.0149	0.0994	0.2338	0.0093	0.328	-29.5411	-15.5299	24.6133
11	2.4555	-0.2536	0.4405	0.5871	0.307	0.3861	0.0927	-0.167	0.1489	0.2091	0.0994	-0.222	0.0247	-0.0698	-0.1921	0.3823	-0.0048	0.0764	0.3564	0.0121	0.3585	-27.8846	-10.6071	42.1006
12	0.5236	0.3888	-0.6353	3.3855	-1.2624	1.5328	-0.0065	-0.2314	0.2099	0.051	-0.1543	-0.6034	-0.062	0.2408	0.1608	0.2685	0.0204	0.0002	0.4404	-0.0251	0.5811	-21.1853	10.7535	38.1618
13	7.5648	-0.2169	2.7454	15.6282	-5.7945	14.7779	0.2178	0.8327	0.9017	-1.6714	-0.5011	-0.4254	-0.5651	0.5486	0.2833	0.4664	-0.0378	0.0003	0.8435	0.004	0.6838	-33.1386	22.6371	25.2095
14	1.5778	0.0923	1.6659	2.7048	-2.1541	8.352	-0.1194	-0.43	0.1503	0.1023	0.1098	-0.0152	-0.2627	-0.4527	0.0095	0.1315	0.0777	0.1165	0.3569	-0.0392	0.2849	-42.9759	12.9229	33.0859
15	3.3583	0.9652	-0.6469	0.515	-1.2134	6.1443	-0.057	-0.4923	0.0993	0.0996	0.0333	-0.0354	0.2701	-0.1731	0.0236	0.5546	0.1922	-0.0343	0.5596	-0.0385	0.4862	-30.1575	15.4643	43.0547
16	0.4833	-0.1765	0.3032	3.8699	0.5187	0.8138	0.1023	-0.3184	0.0309	0.4462	-0.0306	0.0589	0.0691	-0.2147	-0.0717	0.3274	-0.0532	0.0459	0.5706	0.0566	0.3604	-37.9658	-7.3625	46.0288
17	0.5216	-0.9564	-0.5663	3.0767	1.0528	0.7999	0.1517	0.2003	0.1088	-0.688	-0.1934	0.0268	-0.0477	-0.1271	0.0417	0.4466	0.0295	-0.0576	0.2715	0.0415	0.3475	-2.1722	-0.3738	-3.841
18	0.276	-0.4212	0.0543	3.6561	1.0486	0.5442	0.1478	0.2039	0.109	-0.6045	-0.2842	0.4215	0.0253	-0.0031	0.1364	0.4641	0.0472	-0.0296	0.2787	0.0594	0.3813	-0.038	0.5066	-4.354
19	0.1646	-0.3924	-0.0768	3.9241	0.5756	0.098	0.1308	0.2065	-0.0138	-0.8599	-0.2038	0.0854	-0.0862	-0.0651	0.073	0.6241	0.0356	0.0283	0.2959	-0.0078	0.3814	-44.9328	-0.6638	7.9017
20	0.4188	-0.3792	0.0342	5.5994	1.2628	0.3362	0.0317	0.1654	0.1357	-0.4557	-0.1386	0.3701	-0.018	0.032	0.1069	0.5815	0.0462	0.0251	0.2491	0.0473	0.2622	-42.8472	0.2026	7.1868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	121 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	162 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	7 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	27 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	120 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	150 - 242
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	7 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	26 - 97
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	98 - 170
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	171 - 242
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	7 - 15
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	26 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	121 - 148
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	149 - 242
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 17
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	1 - 17
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 17
20	X-RAY DIFFRACTION	20	H	1 - 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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