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- PDB-3mzh: Crystal structure of cAMP receptor protein from mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mzh
タイトルCrystal structure of cAMP receptor protein from mycobacterium tuberculosis in complex with cAMP and its DNA binding element
要素
  • 5'-D(P*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'
  • 5'-D(P*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
  • PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATOR / CAMP / CAMP RECEPTOR PROTEIN / CRP / RV3676 / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / cAMP binding / peptidoglycan-based cell wall / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Akhter, Y. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Camp Receptor Protein from Mycobacterium Tuberculosis in Complex with DNA and cAMP
著者: Akhter, Y. / Pogenberg, V. / Hasnain, S.E. / Wilmanns, M.
履歴
登録2010年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Other
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
C: 5'-D(P*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'
D: 5'-D(P*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4827
ポリマ－62,4944
非ポリマー9883
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area25560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.130, 61.250, 89.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSERchain A and (resseq 1:17 or resseq 20:224 )AA1 - 172 - 18
12ALAALAARGARGchain A and (resseq 1:17 or resseq 20:224 )AA20 - 22421 - 225
21METMETSERSERchain B and (resseq 1:17 or resseq 20:224 )BB1 - 172 - 18
22ALAALAARGARGchain B and (resseq 1:17 or resseq 20:224 )BB20 - 22421 - 225

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999982, -0.004337, 0.004229), (0.004355, -0.999981, 0.004313), (0.004211, 0.004332, 0.999982)
ベクター: -10.7175, -24.1399, 0.048219)

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY) / CRP / Transcriptional regulator / Crp/Fnr family


分子量: 24964.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3676 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69644, UniProt: P9WMH3*PLUS
#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'


分子量: 6502.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'


分子量: 6062.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 % / Mosaicity: 1.03 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-CL pH 8.5, 30%(W/V) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0066 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月12日
放射モノクロメーター: Single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→44.278 Å / Num. all: 14717 / Num. obs: 14717 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.2 % / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.136 / Rsym value: 0.106 / Net I/av σ(I): 4.279 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 32355
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.062.20.4550.3532.1477321500.2840.4550.3532.295.3
3.06-3.242.20.2750.2162.6454520500.1680.2750.2163.195.6
3.24-3.472.20.190.152.5432019390.1150.190.154.295.5
3.47-3.742.20.170.1344.7392917750.1030.170.1345.194.1
3.74-4.12.20.1250.0985.7359916430.0760.1250.0986.194.8
4.1-4.592.20.1160.0916320114530.070.1160.091793.2
4.59-5.292.20.0920.0728.4282812890.0560.0920.0727.192.2
5.29-6.482.10.0980.0776.8225710750.060.0980.0776.690.9
6.48-9.172.10.0780.0617.518088560.0470.0780.0617.793.1
9.17-44.2782.20.0940.0736.210954870.0580.0940.0738.992

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GAU

2gau


解像度: 2.9→43.579 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 705 4.97 %Rfree was calculated using 6.54% of data, which was omitted from the refinement
Rwork0.2467 13477 --
obs0.2482 14182 90.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.73 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 253.02 Å2 / Biso mean: 65.1967 Å2 / Biso min: 8.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4172 Å20 Å2-1.1224 Å2
2--13.9816 Å20 Å2
3----8.5645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 840 66 0 4338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4656244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8571728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01660
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1615X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.602
12B1615X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.12390.39561320.34392532X-RAY DIFFRACTION86
3.1239-3.43810.30771380.28182670X-RAY DIFFRACTION90
3.4381-3.93530.28021520.24432749X-RAY DIFFRACTION93
3.9353-4.9570.2321330.20562764X-RAY DIFFRACTION92
4.957-43.58360.25441500.22372762X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86780.47710.22330.77320.16860.23550.59280.18160.2175-0.9362-0.58880.1822-0.0814-0.38460.1773-0.286-0.192-0.28870.0124-0.09820.2105-21.3337-13.5565-37.4638
22.55490.10540.51970.38210.73022.0792-0.0185-0.76880.7991-0.1791-0.0368-0.0242-0.4684-0.05480.37240.07690.0203-0.07370.148-0.11260.3264-15.7792-2.1542-23.7718
30.476-0.03470.54380.63680.09920.75940.13420.0879-0.1136-0.3563-0.1384-0.114-0.00860.43710.1192-0.1061-0.03040.00440.09740.00510.216510.2384-10.4993-37.5275
41.54950.2734-0.20440.0939-0.52681.8994-0.0261-1.1088-0.3874-0.4122-0.06670.121.0265-0.1603-0.14-0.0839-0.0643-0.0234-0.09580.13160.23335.0419-22.4125-23.2495
53.5887-0.80.22911.41-0.19690.4347-0.4719-1.4210.48790.06370.06440.40440.0151-0.3483-0.18130.1405-0.1249-0.07171.0398-0.27870.4017-13.6727-10.7135-2.3792
61.1131-0.1803-0.11150.0802-0.07760.1519-0.02040.28290.026-0.11160.2574-0.48250.2822-0.0443-0.04340.2346-0.1242-0.27191.77350.06790.835322.077-14.7359-0.569
72.3717-0.64440.30442.03860.26860.2882-0.5738-1.5933-0.01120.51510.2299-0.11410.01520.6193-0.04110.1008-0.1161-0.16561.13210.12790.42761.3913-13.3423-1.9783
81.60190.2321.15882.24350.26454.1191-0.924-0.3779-0.4656-0.39360.04870.2410.0555-0.13390.37490.0664-0.18760.07261.240.03120.6048-32.3651-9.0943-0.1579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:107)A0 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 108:224)A108 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 0:110)B0 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 111:224)B111 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 3:19)C3 - 19
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 20:23)C20 - 23
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 3:18)D3 - 18
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 19:22)D19 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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