+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d0s | ||||||
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Title | cAMP receptor protein from m.tuberculosis, cAMP-free form | ||||||
Components | TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / CAMP RECEPTOR PROTEIN (CRP) / DIMER / INACTIVE(APO / UNLIGANDED) FORM / ALLOSTERY / DNA BINDING / CYCLIC AMP / TRANSCRIPTION REGULATION / CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / DNA-binding / Nucleotide-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell wall / cAMP binding / peptidoglycan-based cell wall / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Gallagher, D.T. / Robinson, H. / Reddy, P.T. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of cAMP receptor protein from M. tuberculosis in the unliganded form Authors: Gallagher, D.T. / Robinson, H. / Smith, N. / Reddy, P.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3d0s.cif.gz | 100.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3d0s.ent.gz | 76.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3d0s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/3d0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/3d0s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25108.621 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: MT3777, Rv3676 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O69644, UniProt: P9WMH3*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20 mg/mL ptn, 80 mM NaCl, l4% PEG4K, 8% IPA, 0.1M Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: coated mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 11.6 % / Av σ(I) over netI: 11.6 / Number: 205215 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.94 / D res high: 2.3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 17644 / % possible obs: 87.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. obs: 29026 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | FOM : 0.56 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.54 / Reflection: 18670 / Reflection acentric: 16221 / Reflection centric: 2449 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 8.33 / SU ML: 0.141 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.217 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.52 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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