+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5o2a | ||||||
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Title | FolD Q98H | ||||||
Components | (Bifunctional protein FolD) x 4 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / carolacton / FolD / natural product / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / protein homodimerization activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: The natural product carolacton inhibits folate-dependent C1 metabolism by targeting FolD/MTHFD. Authors: Fu, C. / Sikandar, A. / Donner, J. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Reck, M. / Wagner-Dobler, I. / Koehnke, J. / Muller, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5o2a.cif.gz | 644.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5o2a.ent.gz | 546.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5o2a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o2a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5o22C 5o28C 1diaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31199.834 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
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#2: Protein | Mass: 31199.830 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
#3: Protein | Mass: 31172.787 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
#4: Protein | Mass: 31145.744 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH 6.0 and 25 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9677 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 17, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→46.56 Å / Num. obs: 113661 / % possible obs: 98.79 % / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 22.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DIA Resolution: 1.9→46.562 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→46.562 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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