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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5o28 | ||||||
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Title | E. coli FolD apo | ||||||
![]() | (Bifunctional protein FolD) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / carolacton / FolD / natural product / inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / protein homodimerization activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The natural product carolacton inhibits folate-dependent C1 metabolism by targeting FolD/MTHFD. Authors: Fu, C. / Sikandar, A. / Donner, J. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Reck, M. / Wagner-Dobler, I. / Koehnke, J. / Muller, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 458.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 376.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5o22C ![]() 5o2aC ![]() 1diaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31216.861 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ||
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#2: Protein | Mass: 31216.857 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ||
#3: Protein | Mass: 31162.771 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) / Gene: folD, ads, b0529, JW0518 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 30 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 4, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→36.14 Å / Num. obs: 116659 / % possible obs: 99.73 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.94 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1DIA Resolution: 1.89→36.14 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.44
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→36.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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