+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uc5 | ||||||
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Title | Chalcone synthase from Malus domestica | ||||||
Components | CHS2 chalcone synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / thiolase / polyketide | ||||||
Function / homology | Function and homology information chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Malus domestica (apple) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.102 Å | ||||||
Authors | Stewart Jr, C.E. / Noel, J.P. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2017 Title: Molecular architectures of benzoic acid-specific type III polyketide synthases. Authors: Stewart, C. / Woods, K. / Macias, G. / Allan, A.C. / Hellens, R.P. / Noel, J.P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uc5.cif.gz | 446.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uc5.ent.gz | 373.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uc5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uc5_validation.pdf.gz | 426 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uc5_full_validation.pdf.gz | 427.4 KB | Display | |
Data in XML | 5uc5_validation.xml.gz | 30.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5uc5_validation.cif.gz | 43.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5uc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5uc5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ucoC 5w8qC 5wc4C 1bi5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Dimer as determined by gel filtration |
-Components
#1: Protein | Mass: 42758.141 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Malus domestica (apple) / Plasmid: pHIS8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: K9MUA0, chalcone synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Reservoir: Sodium-MOPSO (pH 7.0) 100mM, Ammonium Acetate 300mM, PEG8000 14%. Ratio of protein to reservoir= 1:1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2009 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 42128 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 32.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1BI5 Resolution: 2.102→40.99 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.31 Å2 / Biso mean: 41.9287 Å2 / Biso min: 16.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.102→40.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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