+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dxa | ||||||
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Title | Crystal structure of chalcone synthase from Pinus sylvestris | ||||||
Components | Chalcone synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pinus sylvestris (Scots pine) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants. Authors: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dxa.cif.gz | 443.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dxa.ent.gz | 383.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dxa_validation.pdf.gz | 428.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dxa_full_validation.pdf.gz | 429.8 KB | Display | |
Data in XML | 6dxa_validation.xml.gz | 34.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6dxa_validation.cif.gz | 53.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dx7C 6dx8C 6dx9C 6dxbC 6dxcC 6dxdC 6dxeC 6dxfC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43377.945 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pinus sylvestris (Scots pine) / Gene: CHS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P30079, chalcone synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.14 M NH4Cl, 20% (v/v) PEG 3350, and 5 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2014 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.01→61.585 Å / Num. obs: 46489 / % possible obs: 99.31 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.1424 / Rpim(I) all: 0.08803 / Rrim(I) all: 0.1679 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.01→2.082 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6168 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 4596 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.4357 / Rrim(I) all: 0.7584 / % possible all: 98.75 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01→61.585 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.31 Å2 / Biso mean: 17.9 Å2 / Biso min: 1.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→61.585 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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