+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dx9 | ||||||
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Title | Crystal structure of chalcone synthase from Equisetum arvense | ||||||
Components | Chalcone synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Equisetum arvense (field horsetail) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Weng, J.K. / Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants. Authors: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dx9.cif.gz | 444.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dx9.ent.gz | 382.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dx9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dx9_validation.pdf.gz | 431 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dx9_full_validation.pdf.gz | 433.7 KB | Display | |
Data in XML | 6dx9_validation.xml.gz | 34.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6dx9_validation.cif.gz | 53.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dx7C 6dx8C 6dxaC 6dxbC 6dxcC 6dxdC 6dxeC 6dxfC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44300.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Equisetum arvense (field horsetail) / Gene: CHS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9MBB1, chalcone synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.15 M LiCl, 8% PEG 6000, and 5 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2015 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→65.401 Å / Num. obs: 125911 / % possible obs: 99.97 % / Redundancy: 9.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1013 / Rpim(I) all: 0.03516 / Rrim(I) all: 0.1074 / Net I/σ(I): 13.26 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.554 Å / Redundancy: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 12431 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.546 / Rrim(I) all: 1.673 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5→65.401 Å / FOM work R set: 0.896 / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.28 Å2 / Biso mean: 20.79 Å2 / Biso min: 9.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→65.401 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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