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Yorodumi- PDB-6dxe: Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dxe | |||||||||
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Title | Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - M64I F170S G173A S213G Q217A T270V C347S mutant | |||||||||
Components | Chalcone synthase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of anthocyanin biosynthetic process / : / chalcone synthase / auxin polar transport / naringenin-chalcone synthase activity / plant-type vacuole membrane / flavonoid biosynthetic process / response to jasmonic acid / response to auxin / polyketide biosynthetic process ...regulation of anthocyanin biosynthetic process / : / chalcone synthase / auxin polar transport / naringenin-chalcone synthase activity / plant-type vacuole membrane / flavonoid biosynthetic process / response to jasmonic acid / response to auxin / polyketide biosynthetic process / response to gravity / response to UV-B / response to wounding / response to oxidative stress / endoplasmic reticulum / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.608 Å | |||||||||
Authors | Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants. Authors: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dxe.cif.gz | 458.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dxe.ent.gz | 382 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dxe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dxe_validation.pdf.gz | 430.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dxe_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | Display | |
Data in XML | 6dxe_validation.xml.gz | 35.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6dxe_validation.cif.gz | 55.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dx7C 6dx8C 6dx9C 6dxaC 6dxbC 6dxcC 6dxdC 6dxfC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43017.441 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: M64I, F170S, G173A, S213G, Q217A, T270V, C347S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: CHS, TT4, At5g13930, MAC12.11, MAC12.14 / Plasmid: pHis8-4B / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P13114, chalcone synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.125 NaSCN, 20% (v/v) PEG 3350, and 5 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 24, 2018 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.608→60.11 Å / Num. obs: 175827 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04526 / Rpim(I) all: 0.03089 / Rrim(I) all: 0.05506 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.608→1.665 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5779 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 7995 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.7013 / % possible all: 76.72 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.608→60.107 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 20.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.54 Å2 / Biso mean: 21.36 Å2 / Biso min: 7.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.608→60.107 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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