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Yorodumi- PDB-6dx8: Crystal structure of chalcone synthase from Selaginella moellendorffii -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dx8 | ||||||
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Title | Crystal structure of chalcone synthase from Selaginella moellendorffii | ||||||
Components | Chalcone synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Selaginella moellendorffii (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants. Authors: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dx8.cif.gz | 431.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dx8.ent.gz | 362.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dx8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6dx7C 6dx9C 6dxaC 6dxbC 6dxcC 6dxdC 6dxeC 6dxfC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41993.371 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Selaginella moellendorffii (plant) / Plasmid: pHis8-4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: D8S128 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 0.1 M MOPSO (pH 6.6), 0.3 M Mg(NO3)2, 19% (v/v) PEG 4000, and 5 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 30, 2015 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→39.01 Å / Num. obs: 145478 / % possible obs: 90.6 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1427 / Rpim(I) all: 0.06384 / Rrim(I) all: 0.1566 / Net I/σ(I): 12.32 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.761 Å / Redundancy: 6.2 % / Num. unique obs: 6434 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 79.18 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→39.009 Å / FOM work R set: 0.8327 / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / Phase error: 24.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.28 Å2 / Biso mean: 22.24 Å2 / Biso min: 4.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→39.009 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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