PDB-4kti: Crystal Structure of C143A Xathomonas campestris OleA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kti

タイトル

Crystal Structure of C143A Xathomonas campestris OleA

要素

3-oxoacyl-[ACP] synthase III

キーワード

TRANSFERASE / Thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.839 Å

データ登録者

Goblirsch, B.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Substrate Trapping in Crystals of the Thiolase OleA Identifies Three Channels That Enable Long Chain Olefin Biosynthesis.
著者: Goblirsch, B.R. / Jensen, M.R. / Mohamed, F.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.

履歴

登録	2013年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kti.cif.gz	284.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kti.ent.gz	231.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kti_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kti_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	4kti_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	4kti_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ktmC 4ku2C 4ku3C 4ku5C 3row 3s21 3s23 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3row-d 4ktm-d 6b2r-d 3s20-d 3s1z-d 6dxc-d 6dx8-d 3e1h-d 4ku3-d 1i88-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III

B: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III

77.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.204, 85.379, 102.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[ACP] synthase III 分子量: 38810.379 Da / 分子数: 2 / 変異: C143A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 株: ATCC 33913 / NCPPB 528 / LMG 568 / 遺伝子: fabH, XCC0212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PDX2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 16% PEG 8000, 80 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM sodium citrate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月16日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 57489 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.839→44.006 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	3098	5.03 %
R_work	0.1531	-	-
obs	0.1554	57489	96.98 %
all	-	61557	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.381 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3749 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.3197 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.9448 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.839→44.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5179	0	0	580	5759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.546	7473
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.333	2054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.116	881
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	975

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.839-1.8677	0.2564	97	0.1745	1870	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8677-1.8983	0.2357	140	0.1681	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8983-1.9311	0.2265	145	0.1645	2618	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9311-1.9662	0.2003	130	0.152	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9662-2.004	0.2106	139	0.1507	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
2.004-2.0449	0.1968	163	0.1578	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0449-2.0894	0.1937	129	0.1638	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0894-2.138	0.2185	136	0.1508	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
2.138-2.1914	0.2325	140	0.1441	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1914-2.2507	0.2055	149	0.1481	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2507-2.3169	0.2195	142	0.1516	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3169-2.3917	0.2268	141	0.1603	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3917-2.4772	0.22	138	0.1614	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4772-2.5763	0.2208	146	0.1588	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5763-2.6936	0.2079	147	0.1673	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6936-2.8356	0.2488	144	0.1729	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8356-3.0132	0.2489	146	0.1698	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0132-3.2458	0.1932	141	0.1617	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2458-3.5723	0.1765	148	0.1523	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5723-4.0889	0.1789	141	0.1375	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0889-5.1503	0.166	150	0.1251	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1503-44.0188	0.1721	146	0.1621	2850	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0663	-0.1613	0.2176	0.9237	-0.0111	0.5893	-0.0257	-0.0712	-0.0751	0.0427	0.0154	0.0922	0.0543	-0.0064	0.0108	0.1176	-0.0096	0.0157	0.112	0.0102	0.1099	-10.4797	6.9623	-2.4636
2	0.7855	0.0291	-0.1324	1.1342	-0.1513	1.7201	0.0173	0.1824	-0.0694	-0.3683	-0.0127	0.0904	0.1249	-0.087	0.0214	0.1954	-0.0149	-0.0321	0.121	0.0002	0.1058	-13.2882	23.8185	-27.0058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 15:358)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 21:358)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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