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- PDB-6dxc: Crystal structure of chalcone synthase from Selaginella moellendo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxc
タイトルCrystal structure of chalcone synthase from Selaginella moellendorffii - S340C mutant
要素Chalcone synthase
キーワードTRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1709616 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants.
著者: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone synthase
B: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0832
ポリマ－84,0832
非ポリマー00
水15,871881
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.220, 66.380, 103.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chalcone synthase


分子量: 42041.430 Da / 分子数: 2 / 変異: S340C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
遺伝子: SELMODRAFT_271225 / プラスミド: pHis8-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D8S128
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M MOPSO (pH 6.6), 0.3 M Mg(NO3)2, 19% (v/v) PEG 4000, and 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→31.589 Å / Num. obs: 105252 / % possible obs: 95.55 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.04892 / Rpim(I) all: 0.04892 / Rrim(I) all: 0.06919 / Net I/σ(I): 9.66
反射 シェル解像度: 1.54→1.595 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1642 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique obs: 8805 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.1642 / Rrim(I) all: 0.2322 / % possible all: 80.52

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→31.589 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1725 1905 1.81 %
Rwork0.1425 --
obs0.1431 105175 95.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.27 Å2 / Biso mean: 17.6714 Å2 / Biso min: 3.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→31.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5768 0 0 881 6649
Biso mean---29.34 -
残基数----756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.54-1.57850.25441190.19496123624279
1.5785-1.62120.18991210.17136754687588
1.6212-1.66890.20321350.15957198733394
1.6689-1.72280.20261360.15757193732993
1.7228-1.78430.19051260.15447140726693
1.7843-1.85580.19741360.15087452758897
1.8558-1.94020.20091330.167579771298
1.9402-2.04250.17751440.13687613775799
2.0425-2.17040.15981360.13667590772699
2.1704-2.33790.14861430.13117667781099
2.3379-2.57310.16561460.12587655780199
2.5731-2.94520.18071420.136377117853100
2.9452-3.70980.14271440.13647735787999
3.7098-31.59570.16931440.141578608004100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3755-0.16830.15140.3339-0.0320.7758-0.0258-0.03940.03170.08220.0062-0.0324-0.04880.0150.03010.0668-0.0134-0.00130.0641-0.00470.084129.168923.714935.5841
20.40490.08160.10750.36770.0270.3871-0.0078-0.005-0.04130.06250.0006-0.00910.0403-0.03920.01090.06140.0057-0.0020.07390.00220.073120.424716.12329.443
30.952-0.0074-0.03640.6868-0.03730.91010.00230.0351-0.1697-0.0070.001-0.03480.1528-0.007-0.01170.09140.0058-0.00320.0657-0.00320.106526.69721.744926.6728
40.5091-0.09310.08150.57830.09560.4399-0.0105-0.08520.07370.09270.01280.0055-0.0642-0.02810.00820.061-0.00020.01080.0602-0.01470.07190.280930.224929.7328
50.3009-0.02820.02090.1433-0.20.6405-0.04150.01630.04930.01550.0284-0.0245-0.13460.03330.05160.0740.01740.00410.0605-0.01350.09478.852332.260318.7055
60.86680.15030.13250.82680.08670.8964-0.02180.070.0677-0.04150.0302-0.0014-0.0917-0.00720.01960.06990.0072-0.00150.06850.01320.07990.297736.46299.1162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 149 )A9 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 264 )A150 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 265 through 386 )A265 - 386
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 220 )B9 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 221 through 264 )B221 - 264
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 265 through 386 )B265 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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