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- PDB-6op5: Crystal Structure of Piper methysticum Styrylpyrone Synthase 1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6op5
タイトルCrystal Structure of Piper methysticum Styrylpyrone Synthase 1 in complex with p-coumaroyl-CoA
要素(Styrylpyrone synthase 1) x 2
キーワードTRANSFERASE / kavalactone biosynthesis / phenylpropanoid pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
p-coumaroyl-CoA / Styrylpyrone synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Piper methysticum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pluskal, T. / Weng, J.K.
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2019
タイトル: The biosynthetic origin of psychoactive kavalactones in kava.
著者: Pluskal, T. / Torrens-Spence, M.P. / Fallon, T.R. / De Abreu, A. / Shi, C.H. / Weng, J.K.
履歴
登録2019年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年6月12日ID: 6CO0
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Styrylpyrone synthase 1
B: Styrylpyrone synthase 1
C: Styrylpyrone synthase 1
D: Styrylpyrone synthase 1
E: Styrylpyrone synthase 1
F: Styrylpyrone synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,4428
ポリマ－261,6156
非ポリマー1,8272
水3,279182
1
A: Styrylpyrone synthase 1
B: Styrylpyrone synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9844
ポリマ－87,1562
非ポリマー1,8272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Styrylpyrone synthase 1
D: Styrylpyrone synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3022
ポリマ－87,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Styrylpyrone synthase 1
F: Styrylpyrone synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1562
ポリマ－87,1562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.402, 164.402, 87.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質
Styrylpyrone synthase 1


分子量: 43578.160 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piper methysticum (植物) / プラスミド: pHis8-4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A384E132
#2: タンパク質 Styrylpyrone synthase 1


分子量: 43724.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piper methysticum (植物) / プラスミド: pHis8-4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A384E132
#3: 化合物 ChemComp-WCA / p-coumaroyl-CoA / 4-ヒドロキシシンナモイルCoA


分子量: 913.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42N7O18P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 % / 解説: needle
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, PEG 8000 10% w/v, ethylene glycol 4% v/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→82.201 Å / Num. obs: 142832 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 6973

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→82.201 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.61 / 位相誤差: 28.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 3972 2.78 %
Rwork0.2042 --
obs0.2114 142832 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→82.201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17620 0 118 182 17920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68124523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.57110891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7008-2.74730.29671960.25936973X-RAY DIFFRACTION97
2.7473-2.79730.32351990.25776849X-RAY DIFFRACTION94
2.7973-2.85110.33211980.25326860X-RAY DIFFRACTION95
2.8511-2.90930.29191990.25397019X-RAY DIFFRACTION97
2.9093-2.97260.2831980.2516965X-RAY DIFFRACTION97
2.9726-3.04170.30042160.24827064X-RAY DIFFRACTION96
3.0417-3.11780.26541950.24326955X-RAY DIFFRACTION97
3.1178-3.20210.32371830.24066964X-RAY DIFFRACTION97
3.2021-3.29630.30662000.23416965X-RAY DIFFRACTION97
3.2963-3.40270.32871960.2296949X-RAY DIFFRACTION96
3.4027-3.52430.26041820.22376784X-RAY DIFFRACTION94
3.5243-3.66530.27521910.21687033X-RAY DIFFRACTION97
3.6653-3.83210.25182020.20426944X-RAY DIFFRACTION97
3.8321-4.03410.28452000.20086983X-RAY DIFFRACTION96
4.0341-4.28680.27682080.17926986X-RAY DIFFRACTION97
4.2868-4.61770.22111880.16636754X-RAY DIFFRACTION93
4.6177-5.08220.25181960.16716996X-RAY DIFFRACTION97
5.0822-5.8170.21262080.19337061X-RAY DIFFRACTION97
5.817-7.32680.23962000.2036801X-RAY DIFFRACTION95
7.3268-59.80360.23851840.20276908X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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