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- PDB-5wx6: Alkyldiketide-CoA synthase W332Q mutant from Evodia rutaecarpa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wx6
タイトルAlkyldiketide-CoA synthase W332Q mutant from Evodia rutaecarpa
要素Alkyldiketide-CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / polyketidesynthase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Alkyldiketide-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetradium ruticarpum (ゴシュユ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Matsui, T. / Kodama, T. / Tadakoshi, T. / Morita, H.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: 2-Alkylquinolone alkaloid biosynthesis in the medicinal plant Evodia rutaecarpa involves collaboration of two novel type III polyketide synthases
著者: Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Tadakoshi, T. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyldiketide-CoA synthase
B: Alkyldiketide-CoA synthase
C: Alkyldiketide-CoA synthase
D: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,23416
ポリマ－176,3954
非ポリマー3,83912
水17,457969
1
A: Alkyldiketide-CoA synthase
D: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0217
ポリマ－88,1982
非ポリマー1,8235
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
2
B: Alkyldiketide-CoA synthase
C: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2139
ポリマ－88,1982
非ポリマー2,0157
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.080, 84.660, 137.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Alkyldiketide-CoA synthase


分子量: 44098.773 Da / 分子数: 4 / 変異: W332Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetradium ruticarpum (ゴシュユ) / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A0A1X8XLG1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. ...The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. This sequence has already been deposited to GenBank as LC208543. Residues from MET (-11) to SER 0 are expression tags. This structure is W332Q mutant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 0.1 M MES, 0.2 M Lithium sulfate, 20%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.02
反射解像度: 1.8→47.374 Å / Num. obs: 141649 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.176 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 15.47 / Num. measured all: 733158
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.915.0320.6192.0111269123143223930.8590.69296.8
1.91-2.045.3480.3353.9311492721823214880.9590.37198.5
2.04-2.25.1460.1956.6510312820384200400.980.21898.3
2.2-2.415.2370.12210.839630518722183900.9910.13598.2
2.41-2.75.2990.0816.468910416992168150.9950.08999
2.7-3.115.120.05423.987527814983147030.9970.0698.1
3.11-3.815.2210.03935.466571412710125870.9980.04399
3.81-5.374.9790.03242.1948403990897220.9990.03698.1
5.37-47.3745.010.03244.0927608564155110.9990.03597.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.88 Å47.37 Å
Translation6.88 Å47.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WX3

5wx3


解像度: 1.799→47.374 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 7332 5.18 %Random
Rwork0.1831 134558 --
obs0.185 141647 98.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.44 Å2 / Biso mean: 37.3864 Å2 / Biso min: 15.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.799→47.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11534 0 2904 969 15407
Biso mean--42.82 41.41 -
残基数----1140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92616279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3554428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7989-1.82990.42243420.37776488683091
1.8299-1.86320.39193460.35846572691891
1.8632-1.8990.31073510.31346681703294
1.899-1.93780.29083540.28616713706794
1.9378-1.97990.29513540.26776732708694
1.9799-2.0260.26863530.24766699705294
2.026-2.07670.25953530.24726708706194
2.0767-2.13280.27013550.23486744709994
2.1328-2.19560.2653530.22126707706094
2.1956-2.26640.25673480.21866616696492
2.2664-2.34740.24143550.22446747710294
2.3474-2.44140.27093570.20916777713494
2.4414-2.55250.25743580.2086801715994
2.5525-2.68710.22843550.20316758711394
2.6871-2.85540.2363520.19556689704193
2.8554-3.07580.21863580.18276793715194
3.0758-3.38530.22853590.16796815717494
3.3853-3.87490.20033580.14086809716794
3.8749-4.8810.15563570.11736780713793
4.881-45.26610.18533650.15536929729494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7337-0.41710.73430.5032-0.44821.37010.0561-0.03290.0939-0.0229-0.03770.03780.06780.0217-0.02460.1640.01740.01940.1446-0.0130.16359.8734-9.446246.1473
22.48652.30522.10412.52491.63722.03381.00472.01672.67710.0945-2.1582-11.1338-0.06862.03441.13840.3350.09560.01580.4242-0.070.65913.551-22.34934.252
30.8539-0.0314-0.00970.4553-0.18631.2778-0.061-0.07220.1314-0.0352-0.0011-0.0289-0.2395-0.070.05690.2810.01780.00470.1823-0.01960.205551.4437-8.263124.5803
41.1696-0.30170.62060.5689-0.04371.2111-0.0095-0.0797-0.025-0.0256-0.0062-0.081-0.04810.09690.01650.2354-0.00420.03250.21050.02130.193663.6281-20.569424.3833
51.2179-0.31030.45590.5451-0.12870.43720.03750.1128-0.0688-0.18170.0020.05460.04040.0008-0.0390.289300.00110.16230.00780.153140.7938-21.3036-1.0436
60.72170.17950.18480.21670.07420.41180.04290.15990.0595-0.1301-0.0257-0.0354-0.03020.0631-0.02040.30570.00230.03530.21180.03040.174549.4869-16.4777-1.3144
71.29830.4259-0.59380.497-0.37911.7650.18310.29510.1041-0.2034-0.1481-0.0072-0.29310.0396-0.03320.36210.0296-0.01570.29840.0270.213853.1375-11.7998-2.0792
83.9914-0.8248-2.05561.27390.58491.78250.17480.21290.438-0.3279-0.0841-0.3796-0.5120.0551-0.08620.62320.00190.0680.45690.16790.464855.014-4.835-16.806
92.2303-0.2250.16841.3254-0.83890.53940.11790.4066-0.1061-0.309-0.0875-0.0194-0.14570.1361-0.03720.42580.02120.02580.34890.01060.190449.3977-19.3728-15.5042
100.9669-0.174-0.23061.70090.97212.23680.03560.47390.0874-0.31620.0184-0.1453-0.03770.3032-0.02380.43890.00360.06180.45070.04530.22460.4405-14.6122-14.6912
111.8186-0.29540.06820.805-0.24761.1191-0.015-0.4235-0.27420.03270.14790.37670.1864-0.2756-0.07730.2255-0.03940.00930.34020.10860.4294-15.2436-19.420254.4315
122.0472-0.16-0.10861.2192-0.66541.450.0196-0.2022-0.1091-0.01320.18710.3603-0.0184-0.2757-0.15430.17960.0020.02210.31320.07070.4038-23.305-10.97844.684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 219 )A9 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 220 through 383 )A220 - 383
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 9 through 155 )B9 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 156 through 383 )B156 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 9 through 155 )C9 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 156 through 219 )C156 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 220 through 264 )C220 - 264
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 265 through 318 )C265 - 318
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 319 through 349 )C319 - 349
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 350 through 383 )C350 - 383
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 9 through 174 )D9 - 174
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 175 through 383 )D175 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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