+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wx3 | ||||||
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Title | Alkyldiketide-CoA synthase from Evodia rutaecarpa | ||||||
Components | Alkyldiketide-CoA synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / polyketidesynthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tetradium ruticarpum (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | Matsui, T. / Kodama, T. / Tadakoshi, T. / Morita, H. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: 2-Alkylquinolone alkaloid biosynthesis in the medicinal plant Evodia rutaecarpa involves collaboration of two novel type III polyketide synthases Authors: Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Tadakoshi, T. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wx3.cif.gz | 582 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wx3.ent.gz | 480.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wx3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5wx3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5wx3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 5wx3_validation.xml.gz | 58.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5wx3_validation.cif.gz | 79.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wx3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5wx4C 5wx5C 5wx6C 5wx7C 3wd7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44156.855 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tetradium ruticarpum (plant) / Plasmid: pQE80L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): M15 / References: UniProt: A0A1W7GKH6*PLUS #2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | the sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. ...the sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. this sequence has already been deposited to GenBank as LC208543. residues from MET (-11) to SER 0 are expression tags. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M Ammonium sulfate, 25%(w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.484 Å / Num. obs: 142923 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.573
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3WD7 Resolution: 1.801→39.737 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.2 Å2 / Biso mean: 29.6887 Å2 / Biso min: 10.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.801→39.737 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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