PDB-6cqb: Crystal Structure of Piper methysticum Chalcone Synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cqb

タイトル

Crystal Structure of Piper methysticum Chalcone Synthase

要素

Chalcone synthase

キーワード

TRANSFERASE / phenylpropanoid pathway / flavokavain biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Piper methysticum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Pluskal, T. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 7件

組織	認可番号	国
Edward N. and Della L. Thome Memorial Foundation		米国
Family Larsson-Rosenquist Foundation		米国
Arnold and Mabel Beckman Foundation		米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1709616	米国
Pew Charitable Trusts	27345	米国
Chicago Community Trust	15-SSP-162	米国
Helen Hay Whitney Foundation	F-1055	米国

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2019
タイトル: The biosynthetic origin of psychoactive kavalactones in kava.
著者: Pluskal, T. / Torrens-Spence, M.P. / Fallon, T.R. / De Abreu, A. / Shi, C.H. / Weng, J.K.

履歴

登録	2018年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cqb.cif.gz	293.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cqb.ent.gz	241.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nbrC 6op5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a5s-d 3a5r-d 6l7j-1 1z1e-1 7cbf-d 1i8b-1 6op5-1 1d6i-2 3a5q-d 3eut-2 6l73-1 1i89-1 6dxc-d 5wx3-1 6l78-2 1bi5-1 5ypt-2 1i88-1 1z1f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase

B: Chalcone synthase

86.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.910, 120.570, 125.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chalcone synthase 分子量: 43042.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piper methysticum (植物) / 遺伝子: CHS / 器官: Root / プラスミド: pHIS8-4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A384E133*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES 100 mM pH 7.0, PEG 6000 10% w/v

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.91→62.704 Å / Num. obs: 17602 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 61.6 % / Net I/σ(I): 12.54
反射シェル	解像度: 2.91→3.014 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Phyre2 model

解像度: 2.91→62.704 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3162	1771	10.06 %
R_work	0.2626	-	-
obs	0.2679	17602	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→62.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5824	0	0	34	5858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.528	8086
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.151	3615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.91-2.9887	0.3661	144	0.3385	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9887-3.0766	0.3714	123	0.3301	1181	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0766-3.1759	0.346	141	0.3111	1194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1759-3.2894	0.3575	129	0.295	1191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2894-3.4211	0.3218	134	0.2846	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4211-3.5768	0.3566	131	0.2705	1202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5768-3.7654	0.3052	138	0.2744	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7654-4.0012	0.3171	140	0.2566	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0012-4.3101	0.2971	131	0.2292	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3101-4.7437	0.2686	133	0.2165	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7437-5.4298	0.2627	143	0.2177	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4298-6.8397	0.3114	142	0.267	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8397-62.7185	0.3284	142	0.2549	1342	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3556	-0.2576	-0.0531	0.1925	0.0088	1.2093	0.2073	-0.0239	0.1077	-0.1883	0.0344	0.0646	-0.3537	-0.0124	0.4961	0.4718	-0.0498	-0.2455	0.5142	0.6098	0.6329	97.0896	154.0484	142.748
2	0.1915	-0.2259	-0.1142	0.3094	0.1749	1.2714	0.1354	0.0052	0.1369	-0.2438	0.083	-0.0615	-0.4926	0.2241	0.524	0.4423	-0.0119	0.0209	0.6089	0.5139	0.6728	105.8549	149.7977	144.8711
3	0.086	0.0389	0.0149	0.1189	0.1119	0.1206	0.0434	0.0332	-0.0112	-0.2272	0.0135	-0.0176	0.1821	0.0345	0.0805	0.5949	0.0067	-0.0379	0.4264	0.6388	0.3971	110.1483	139.1613	135.3794
4	0.683	0.1029	-0.252	0.0961	0.2882	1.5586	0.0255	0.0336	0.1862	-0.2077	-0.0944	0.12	-0.4738	-0.1206	0.0311	0.1918	-0.0297	-0.1042	0.26	0.2304	0.525	99.6662	155.3419	176.197
5	1.8587	-0.2354	-0.5161	0.1608	0.4992	1.5884	0.023	0.3297	0.6502	-0.0446	0.1284	0.0271	-0.4993	-0.4151	0.0075	0.2679	0.069	-0.0393	0.5872	0.2662	0.925	100.8043	162.1536	174.7117
6	0.3485	0.0571	0.4001	0.0838	-0.1392	1.0446	-0.1111	0.086	0.2498	0.0019	0.0542	0.0968	-0.2514	-0.2161	-0.0653	0.1014	0.1037	-0.1093	0.3041	0.5878	0.3101	102.9673	148.1947	165.2752
7	1.1652	0.1078	0.6713	0.3427	-0.169	0.8344	0.0265	0.3424	0.287	-0.0247	0.0047	0.0218	-0.1587	0.0382	0.0004	0.2447	0.1149	-0.1447	0.5263	0.2553	0.7324	90.5452	146.1155	167.154
8	0.3046	0.1191	-0.0442	0.8003	0.5536	0.7601	0.1339	-0.0725	-0.1542	0.2136	0.072	0.1791	0.2314	-0.2934	0.0259	0.1661	-0.0046	0.0937	0.4674	0.403	0.6325	89.3188	139.1476	178.2423

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 181 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 182 through 279 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 280 through 390 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 10 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 51 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 119 through 226 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 227 through 279 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 280 through 390 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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