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Yorodumi- PDB-6dx7: Crystal structure of chalcone synthase from Physcomitrella patens -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6dx7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of chalcone synthase from Physcomitrella patens | ||||||
Components | Chalcone synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationchalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Physcomitrella patens subsp. patens (plant) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.61 Å | ||||||
Authors | Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018Title: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants. Authors: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6dx7.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6dx7.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6dx7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6dx7_validation.pdf.gz | 469.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6dx7_full_validation.pdf.gz | 497.9 KB | Display | |
| Data in XML | 6dx7_validation.xml.gz | 78 KB | Display | |
| Data in CIF | 6dx7_validation.cif.gz | 106.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6dx8C ![]() 6dx9C ![]() 6dxaC ![]() 6dxbC ![]() 6dxcC ![]() 6dxdC ![]() 6dxeC ![]() 6dxfC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 42629.055 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Physcomitrella patens subsp. patens (plant)Gene: PHYPA_029015 / Plasmid: pHis8-3 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 0.1 M MES (pH 6.9), 18% (v/v) PEG 20000, and 5 mM DTT |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2011 |
| Radiation | Monochromator: double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.61→37.011 Å / Num. obs: 82406 / % possible obs: 98.95 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03961 / Rpim(I) all: 0.03961 / Rrim(I) all: 0.05602 / Net I/σ(I): 14.31 |
| Reflection shell | Resolution: 2.61→2.703 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4442 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 7763 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.4442 / Rrim(I) all: 0.6282 / % possible all: 94.6 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.61→37.011 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 29.49 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 358.19 Å2 / Biso mean: 70.8323 Å2 / Biso min: 24.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.61→37.011 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi



Physcomitrella patens subsp. patens (plant)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation

















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