+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ov2 | ||||||
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Title | Curcumin synthase 1 from Curcuma longa | ||||||
Components | Curcumin synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / type III polyketide synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information curcumin synthase / curcumin synthase activity / flavonoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Curcuma longa (turmeric) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.32 Å | ||||||
Authors | Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: A hydrophobic cavity discovered in a curcumin synthase facilitates utilization of a beta-keto acid as an extender substrate for the atypical type III polyleteide synthase Authors: Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ov2.cif.gz | 616.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ov2.ent.gz | 515.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ov2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ov2_validation.pdf.gz | 514 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ov2_full_validation.pdf.gz | 538 KB | Display | |
Data in XML | 3ov2_validation.xml.gz | 64.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3ov2_validation.cif.gz | 88.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43638.988 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Curcuma longa (turmeric) / Gene: CURS1 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C0SVZ6 #2: Chemical | ChemComp-MLI / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.3M sodium malonate pH 7.0, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 8, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Highest resolution: 2.32 Å / Num. obs: 165495 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.405 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.32→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.744 / SU ML: 0.154 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.221 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.54 Å2 / Biso mean: 28.5862 Å2 / Biso min: 8.78 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.32→19.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.32→2.379 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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