PDB-6dxa: Crystal structure of chalcone synthase from Pinus sylvestris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dxa

タイトル

Crystal structure of chalcone synthase from Pinus sylvestris

要素

Chalcone synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Thiolase (チオラーゼ) /

Flavonoid (フラボノイド) /

Polyketide synthase (ポリケチド合成酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone synthase /

naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pinus sylvestris (ヨーロッパアカマツ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants.
著者: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dxa.cif.gz	443.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dxa.ent.gz	383.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dx7C 6dx8C 6dx9C 6dxbC 6dxcC 6dxdC 6dxeC 6dxfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bus-d 4wum-2 5uc5-d 4wum-1 1bq6-1 2d51-d 1u0u-3 1u0w-2 3vs9-3 5wx5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase

B: Chalcone synthase

86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.017, 100.059, 65.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chalcone synthase / / Naringenin-chalcone synthase 分子量: 43377.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pinus sylvestris (ヨーロッパアカマツ) 遺伝子: CHS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30079, chalcone synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.14 M NH4Cl, 20% (v/v) PEG 3350, and 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月5日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→61.585 Å / Num. obs: 46489 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.1424 / R_pim(I) all: 0.08803 / R_rim(I) all: 0.1679 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.01→2.082 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.6168 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 4596 / CC_1/2: 0.76 / R_pim(I) all: 0.4357 / R_rim(I) all: 0.7584 / % possible all: 98.75

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→61.585 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	2348	5.05 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.1607	46458	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.31 Å² / B_iso mean: 17.9 Å² / B_iso min: 1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→61.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6005	0	0	684	6689
B_iso mean	-	-	-	23.94	-
残基数	-	-	-	-	783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.297	8281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.02	2291

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.01-2.051	0.2902	139	0.2325	2556	2695	100
2.051-2.0956	0.3333	147	0.2559	2558	2705	98
2.0956-2.1444	0.2601	112	0.1887	2652	2764	100
2.1444-2.198	0.2479	145	0.1706	2579	2724	100
2.198-2.2574	0.3067	130	0.2226	2463	2593	95
2.2574-2.3239	0.2829	146	0.1755	2608	2754	100
2.3239-2.3989	0.2355	125	0.1671	2605	2730	100
2.3989-2.4846	0.2114	146	0.1522	2581	2727	100
2.4846-2.5841	0.2319	139	0.1506	2616	2755	100
2.5841-2.7017	0.2097	117	0.156	2629	2746	99
2.7017-2.8442	0.2269	154	0.1486	2607	2761	100
2.8442-3.0224	0.1959	163	0.15	2573	2736	100
3.0224-3.2557	0.1933	139	0.1415	2629	2768	100
3.2557-3.5833	0.1782	132	0.1366	2586	2718	99
3.5833-4.1017	0.194	132	0.1335	2583	2715	98
4.1017-5.1673	0.17	135	0.1153	2622	2757	100
5.1673-61.6142	0.1996	147	0.1585	2663	2810	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4741	-0.0067	0.0174	1.1691	-0.5468	1.2607	0.0959	-0.0779	-0.0055	0.1324	-0.046	0.1173	0.0369	-0.055	0.0126	0.0672	0.009	0.0154	0.0654	-0.0044	0.0832	64.3925	-11.0673	25.7393
2	1.737	0.7035	-0.4322	1.4159	-0.1597	1.346	-0.1533	0.2671	0.1048	-0.243	0.1624	-0.0762	-0.1678	0.1911	-0.0164	0.1999	-0.0484	0.0111	0.1942	0.0446	0.0884	75.7515	9.0654	-16.5707
3	0.4061	0.0469	0.0549	0.3389	0.0967	0.5585	-0.0241	0.0401	0.0817	-0.0482	0.0078	0.0371	-0.069	0.0242	0.0035	0.0756	0.005	0.006	0.0711	0.0183	0.1002	70.1036	8.0427	8.8704
4	0.2693	-0.1265	0.2085	0.4282	-0.0332	0.2205	0.0051	0.0596	0.0104	-0.053	0.0345	0.0057	0.0287	0.0532	-0.0085	0.0546	0.0014	0.0201	0.0604	0.0041	0.0837	71.177	-5.0142	15.3547
5	0.4659	0.4198	-0.3288	0.4237	-0.3197	0.5094	-0.0395	0.0954	-0.0568	-0.1249	0.0031	-0.0195	0.094	0.1553	0.0819	0.1068	0.0142	0.0198	0.1565	0.0067	0.1045	77.1884	3.1199	-3.7418
6	0.2446	-0.0106	0.3174	0.7285	0.243	0.44	-0.0597	0.1616	-0.1206	-0.1512	0.0786	-0.0659	0.0287	0.0742	-0.0119	0.0868	-0.0051	0.0179	0.1292	-0.0192	0.0397	75.0828	-9.066	7.3136
7	0.4945	0.2893	-0.4057	1.0042	-0.2332	0.8259	0.0043	0.1054	-0.0644	-0.0938	0.0462	-0.0461	0.1011	0.0072	-0.0106	0.1122	0.0289	-0.0255	0.1031	-0.0277	0.0887	70.9349	-20.6287	-2.2056
8	0.5592	0.6322	-0.4216	1.1799	-0.1081	0.9458	0.1134	0.1024	0.0942	-0.0757	0.0046	0.1673	0.0812	-0.085	-0.0851	0.1128	0.0343	0.001	0.0899	0.022	0.081	61.7034	-6.5612	-0.5728
9	0.9766	0.2257	0.1877	0.4202	0.1281	0.438	0.0332	0.1	-0.2305	-0.1022	0.0124	-0.0148	0.1275	-0.061	-0.0101	0.0908	-0.0112	-0.0342	0.062	-0.0159	0.0769	63.9527	-16.7008	4.7826
10	0.2579	0.0209	0.1898	0.3843	-0.0738	0.7513	-0.0337	0.0057	0.0469	-0.0121	-0.0193	-0.11	-0.1182	0.1861	0.0265	0.0755	0.0082	0.0214	0.1008	-0.0087	0.1058	94.5613	4.6539	24.6093
11	0.2111	0.4242	-0.2618	2.5595	-1.3487	0.9184	-0.0923	0.0999	-0.085	-0.1467	0.0759	-0.223	0.0367	0.0815	0.0803	0.0644	-0.0198	0.0385	0.1009	-0.0236	0.0899	95.719	-5.2265	18.1826
12	0.5278	-0.1144	0.0929	0.2766	-0.008	0.6237	0.0575	0.1876	-0.0726	-0.0165	0.0302	-0.0073	0.017	0.2007	-0.0369	0.0558	0.0572	-0.0041	0.121	-0.04	0.13	88.1079	-12.3949	15.4492
13	0.3167	-0.1335	0.1639	0.0567	-0.0746	0.3158	-0.0113	0.0144	0.0651	0.035	0.033	-0.0214	-0.0136	0.0806	-0.0191	0.0641	-0.0107	0.0225	0.0793	-0.0077	0.0836	86.2651	-0.2213	23.7815
14	0.6991	-0.2822	-0.0125	1.1692	0.3439	0.3879	0.0244	-0.3411	-0.0782	0.1824	0.076	-0.0329	0.1695	-0.1027	0.1123	0.1075	0.0147	0.0027	0.0508	-0.0054	0.0856	79.9474	-15.0759	34.1579
15	0.747	-0.2139	-0.2	0.2706	0.4537	1.2387	-0.0984	0.0312	0.1577	-0.0696	0.0956	-0.0422	-0.1933	0.0792	-0.1493	0.1071	-0.0082	0.0053	0.047	-0.005	0.1259	81.3628	15.5032	22.8894
16	0.6296	0.0888	-0.1572	0.4658	-0.0677	0.8117	-0.041	-0.1032	0.0586	0.0875	0.0404	0.0091	-0.0049	0.0149	0.0011	0.0956	0.0009	-0.0006	0.0688	-0.0046	0.072	84.2667	1.0426	41.2844
17	0.612	-0.1853	0.5609	0.9341	-0.5789	1.1751	0.0543	-0.0277	-0.0007	0.0596	-0.0451	-0.1386	0.0595	0.0082	-0.0396	0.0485	0.0075	0.0053	0.0629	-0.0082	0.0797	82.3213	-6.069	40.2089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 34 )	A	4 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 66 )	A	35 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 159 )	A	67 - 159
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 201 )	A	160 - 201
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 202 through 230 )	A	202 - 230
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 231 through 275 )	A	231 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 276 through 329 )	A	276 - 329
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 330 through 360 )	A	330 - 360
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 361 through 394 )	A	361 - 394
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 95 )	B	3 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 122 )	B	96 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 123 through 159 )	B	123 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 160 through 230 )	B	160 - 230
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 231 through 251 )	B	231 - 251
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 252 through 275 )	B	252 - 275
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 276 through 360 )	B	276 - 360
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 361 through 394 )	B	361 - 394

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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