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- PDB-6wyi: Crystal structure of EchA19, enoyl-CoA hydratase from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wyi
タイトルCrystal structure of EchA19, enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium tuberculosis
要素EchA19, enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / mycobacterium tuberculosis / cholesterol metabolism / enoyl-CoA hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / response to host immune response / cholesterol catabolic process / fatty acid beta-oxidation / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase EchA19
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.915 Å
データ登録者Bonds, A.C. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI134054 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Post-translational Succinylation ofMycobacterium tuberculosisEnoyl-CoA Hydratase EchA19 Slows Catalytic Hydration of Cholesterol Catabolite 3-Oxo-chol-4,22-diene-24-oyl-CoA.
著者: Bonds, A.C. / Yuan, T. / Werman, J.M. / Jang, J. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
履歴
登録2020年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EchA19, enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5782
ポリマ－30,5541
非ポリマー241
水1,35175
1
A: EchA19, enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: EchA19, enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: EchA19, enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7356
ポリマ－91,6623
非ポリマー733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.413, 75.413, 68.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-427-

HOH

31A-471-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 EchA19, enoyl-CoA hydratase


分子量: 30554.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: echA19, Rv3516 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O53561
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2 and 0.1 M Tris (pH 8.5) supplemented with 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.915→37.71 Å / Num. obs: 17862 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.915→1.983 Å / Rmerge(I) obs: 0.867 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.931 / Rpim(I) all: 0.231 / Rrim(I) all: 0.898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F47

4f47


解像度: 1.915→37.71 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 861 4.82 %
Rwork0.1822 16984 -
obs0.1846 17862 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.41 Å2 / Biso mean: 56.3602 Å2 / Biso min: 28.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.915→37.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 1 75 1816
Biso mean--38.81 51.05 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0352409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.186650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.91-2.030.34581550.256727882943
2.03-2.190.27121360.214827622898
2.19-2.410.25111360.193228072943
2.41-2.760.25351370.185328302967
2.76-3.480.2361470.194728262973
3.48-37.710.20791500.163829713121
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.18423.4797-1.33646.5459-0.67873.19410.1382-0.16261.35760.4391-0.1077-0.2317-0.47030.208-0.03750.5457-0.0137-0.15050.3547-0.02281.0703-38.185750.553384.7664
22.79660.501-4.41982.5975-0.28927.25610.1272-0.49750.81660.28460.03930.0367-0.22280.6204-0.08440.3603-0.0139-0.05130.4744-0.01530.7341-39.707141.344587.0307
35.7969-1.3320.98113.6722-0.51471.305-0.07920.28990.6167-0.0736-0.0704-0.3101-0.08190.17140.18230.2901-0.0178-0.05140.28960.04170.3467-29.961733.385380.274
44.5278-0.61530.18352.2512-0.90910.9756-0.1599-0.33230.34930.29070.07720.4996-0.1547-0.26280.06080.40550.010.03130.3841-0.1470.5659-55.999335.033989.5386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 92 )A2 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 109 )A93 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 190 )A110 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 263 )A191 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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