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- PDB-4f3w: Crystal structure of cytidine deaminase Cdd from Mycobacterium marinum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3w
タイトルCrystal structure of cytidine deaminase Cdd from Mycobacterium marinum
要素Cytidine deaminase Cdd
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / mycobacterium / ortholog / cytidine / uridine / zinc binding enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytidine deaminase Cdd
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase Cdd
B: Cytidine deaminase Cdd
C: Cytidine deaminase Cdd
D: Cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3468
ポリマ－56,0844
非ポリマー2624
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.470, 48.710, 53.920
Angle α, β, γ (deg.)100.190, 110.420, 98.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Cytidine deaminase Cdd


分子量: 14021.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: cdd, MMAR_1204 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HDU6, cytidine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MymaA.00495.a.A1 PS00823 at 20 mg/mL against JCSG+ A8 0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350, crystal tracking ID 232847a8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 40341 / Num. obs: 39961 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 24.135 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.1815.988904286096.1
1.85-1.90.1556.819091282897
1.9-1.950.1298.779200278798.5
1.95-2.010.10910.399265273499.7
2.01-2.080.09112.789408268199.4
2.08-2.150.07716.369895253799.8
2.15-2.230.06720.5911344247799.6
2.23-2.320.05923.5211541238599.2
2.32-2.430.05525.4411525228299.4
2.43-2.550.05128.6911641217699.9
2.55-2.680.05229.5212028208599.8
2.68-2.850.04635.7212927195299.7
2.85-3.040.0441.2513456185499.5
3.04-3.290.03545.9312347170899.6
3.29-3.60.03449.411435159499.7
3.6-4.020.03152.1110247142799.6
4.02-4.650.02955.868922125499.4
4.65-5.690.02954.677807107199.6
5.69-8.050.03152.81604382899
8.050.02757.13308644198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.61 Å
Translation3 Å46.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3ijf

3ijf


解像度: 1.8→48.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2166 / WRfactor Rwork: 0.1798 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8655 / SU B: 5.229 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1335 / SU Rfree: 0.1257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 1977 4.9 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.182 39960 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.61 Å2 / Biso mean: 18.0363 Å2 / Biso min: 8.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20.31 Å20.42 Å2
2--0.08 Å20.04 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 4 299 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.9864800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94135694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5145481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.7322.239134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43315493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4591534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02718
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 130 -
Rwork0.217 2726 -
all-2856 -
obs--96.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.473-0.2219-0.20860.4082-0.431.0391-0.0876-0.0101-0.03260.030.05560.01070.0693-0.05550.0320.03090.00170.02860.0276-0.00280.05250.5229-5.5335-20.01
20.9376-0.2316-0.80510.1872-0.05651.2736-0.04530.1849-0.01170.0308-0.0235-0.04510.0169-0.17030.06880.0126-0.0047-0.00860.0653-0.03310.04083.03353.4655-40.7792
30.6669-0.1248-0.34570.2616-0.2020.7010.04680.00070.0474-0.0155-0.0401-0.00810.02420.0287-0.00660.02450.00290.00080.01770.01380.044221.928417.1536-30.2317
40.4089-0.1365-0.02460.4497-0.37510.9896-0.01680.0085-0.02270.07020.0325-0.019-0.0603-0.0158-0.01570.0580.0119-0.01550.0113-0.00030.01849.00216.65-11.3739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 122
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION1A301 - 373
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 122
5X-RAY DIFFRACTION2B201
6X-RAY DIFFRACTION2B301 - 379
7X-RAY DIFFRACTION3C4 - 122
8X-RAY DIFFRACTION3C201
9X-RAY DIFFRACTION3C301 - 372
10X-RAY DIFFRACTION4D3 - 122
11X-RAY DIFFRACTION4D201
12X-RAY DIFFRACTION4D301 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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