PDB-4aux: Tet repressor class D in complex with 9-nitrotetracycline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aux

タイトル

Tet repressor class D in complex with 9-nitrotetracycline

要素

TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Orth, P. / Saenger, W. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Tet Repressor Class D in Complex with 9-Nitrotetracycline and Magnesium
著者: Orth, P. / Saenger, W. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2012年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2019年5月22日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aux.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aux.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/4aux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/4aux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tctS 1a6i 1bjz 1ork 1qpi 2trt 2vke 2vkv 2x6o 2x9d 2xb5 2xgc 2xgd 2xge 2xpu 2xpv 2xpw 2xrl 3zqf 3zqg 3zqh 3zqi 4abz 4d7m 4d7n 4v2f 4v2g S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xrl-1 2xb5-1 4v2g-d 6rcr-1 2fj1-1 6rgx-d 6rbm-1 6rbl-1 1ork-1 2trt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.100, 69.100, 182.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D 分子量: 23272.334 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / Variant: DELTA H1 DELTA TRP / プラスミド: PWH904 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): DELTA H1 DELTA TRP / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物	ChemComp-XTC / (4S,4aS,5aR,12aS)-4-(dimethylamino)-3,10,12,12a-tetrahydroxy-9-nitro-1,11-dioxo-1,4,4a,5,5a,6,11,12a-octahydrotetracene-2-carboxamide / 9-NITROTETRACYCLINE 分子量: 459.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁N₃O₉
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 M (NH4)2S04, 200 MM NACL, 5 MM MGCL2 AND 20 MM TRIS-HCL, PH 8.0 WITH 10 MG/ML TETR, 2 MM 9-NITROTC AND 5 MM MGCL2, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.975
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→17.8 Å / Num. obs: 11066 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0027	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TCT

2tct

解像度: 2.25→17.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 20.809 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A LOOP CONNECTING RESIDUES 155-165 IS HIGHLY DISORDERED SHOWING FRAGMENTED ELECTRON DENSITY AND HIGH B-FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25834	832	7.7 %	RANDOM
R_work	0.20877	-	-	-
obs	0.21275	9996	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→17.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1640	0	36	55	1731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.994	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.793	3	3733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.487	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.246	23.69	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.931	15	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.022	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.424	68	-
R_work	0.353	698	-
obs	-	-	96.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7566	-1.3856	8.2263	1.4954	-1.5649	12.0918	0.1384	0.2964	0.0445	0.0831	-0.1066	-0.192	0.3921	0.2051	-0.0318	0.1672	-0.1051	-0.0284	0.37	-0.0732	0.2688	19.2176	28.883	14.1705
2	1.8134	-0.1892	-1.0315	1.3512	1.0491	10.0836	0.063	0.2248	-0.0628	0.1873	0.0534	0.2491	0.2382	-0.4222	-0.1164	0.1859	0.0716	-0.0412	0.2026	-0.0252	0.273	20.4889	31.9419	37.299
3	32.9725	6.1511	1.8594	9.3157	0.391	0.2406	-0.3995	1.697	-0.6832	-0.6262	0.2742	-0.0568	0.1535	0.0899	0.1253	0.5252	0.1089	0.0449	0.4199	-0.0098	0.3907	51.2104	20.7029	35.9079
4	5.0196	0.2895	-0.1068	3.0856	1.4108	5.7241	0.2861	0.3031	-0.0197	0.3661	-0.1472	0.0025	0.0877	-0.064	-0.1389	0.2651	0.0837	-0.0193	0.0781	0.0263	0.1757	30.9956	34.3326	43.7956
5	0.011	0.2757	-0.0835	7.6144	-2.1734	0.6496	-0.0376	-0.0109	-0.0066	-0.4281	-0.081	-0.5437	0.2564	0.0097	0.1187	0.6772	0.0342	-0.0263	0.6887	-0.0319	0.6802	49.0768	23.1545	21.6771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	222 - 223
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	124 - 155
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 208
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	156 - 162

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関連情報:EMDBヘッダ

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