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- PDB-4afj: 5-aryl-4-carboxamide-1,3-oxazoles: potent and selective GSK-3 inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afj
タイトル5-aryl-4-carboxamide-1,3-oxazoles: potent and selective GSK-3 inhibitors
要素
  • GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
  • PROTO-ONCOGENE FRAT1
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / molecular function inhibitor activity / regulation of dendrite morphogenesis / ER overload response / glycogen metabolic process / establishment of cell polarity / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / canonical Wnt signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of protein binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / mitochondrion organization / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / beta-catenin binding / peptidyl-serine phosphorylation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Wnt signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of protein catabolic process / p53 binding / kinase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / insulin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase-3 binding protein / Glycogen synthase kinase-3 binding / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Glycogen synthase kinase-3 binding protein / Glycogen synthase kinase-3 binding / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SJJ / Glycogen synthase kinase-3 beta / Proto-oncogene FRAT1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Gentile, G. / Merlo, G. / Pozzan, A. / Bernasconi, G. / Bax, B. / Bamborough, P. / Bridges, A. / Carter, P. / Neu, M. / Yao, G. ...Gentile, G. / Merlo, G. / Pozzan, A. / Bernasconi, G. / Bax, B. / Bamborough, P. / Bridges, A. / Carter, P. / Neu, M. / Yao, G. / Brough, C. / Cutler, G. / Coffin, A. / Belyanskaya, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: 5-Aryl-4-Carboxamide-1,3-Oxazoles: Potent and Selective Gsk-3 Inhibitors.
著者: Gentile, G. / Merlo, G. / Pozzan, A. / Bernasconi, G. / Bax, B. / Bamborough, P. / Bridges, A. / Carter, P. / Neu, M. / Yao, G. / Brough, C. / Cutler, G. / Coffin, A. / Belyanskaya, S.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Other
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
B: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
X: PROTO-ONCOGENE FRAT1
Y: PROTO-ONCOGENE FRAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,20719
ポリマ－90,3684
非ポリマー1,84015
水6,233346
1
A: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
X: PROTO-ONCOGENE FRAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0589
ポリマ－45,1842
非ポリマー8747
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-53.7 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
2
B: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
Y: PROTO-ONCOGENE FRAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,15010
ポリマ－45,1842
非ポリマー9668
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-42.1 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.317, 152.317, 199.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABXY

#1: タンパク質 GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA / GSK3-BETA / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE GSK3B


分子量: 41613.629 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド PROTO-ONCOGENE FRAT1 / FREQUENTLY REARRANGED IN ADVANCED T-CELL LYMPHOMAS 1 / FRAT-1


分子量: 3570.161 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 197-226 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92837

-
非ポリマー , 4種, 361分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SJJ / 5-(4-METHOXYPHENYL)-N-(PYRIDIN-4-YLMETHYL)-1,3-OXAZOLE-4-CARBOXAMIDE


分子量: 309.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 DEGREES CELSIUS USING THE SITTING DRO METHOD 80 UL OF WELL SOLUTION AND 120 OR 100 NL OF PROTEIN AND 60 O 100 NL OF WELL SOLUTION (2 + 1 AND 1 + 1 PROTEIN:WELL RATIO) 30% PEG 3350, 10% ...詳細: 20 DEGREES CELSIUS USING THE SITTING DRO METHOD 80 UL OF WELL SOLUTION AND 120 OR 100 NL OF PROTEIN AND 60 O 100 NL OF WELL SOLUTION (2 + 1 AND 1 + 1 PROTEIN:WELL RATIO) 30% PEG 3350, 10% GLYCEROL, 0.1 M BISTRIS PH6.5 AND 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, CONTAINING 0.1 M COMPOUND (AND 1% DMSO).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 60045 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1GNG

1gng


解像度: 1.98→36.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9555 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9363 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2161 2429 4.05 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1793 60019 97.25 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8696 Å20 Å20 Å2
2--0.8696 Å20 Å2
3----1.7391 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.238 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→36.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5855 0 118 346 6319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016322HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.018612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2161SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes130HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes937HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6322HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion803SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7571SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 171 3.83 %
Rwork0.2021 4291 -
all0.2041 4462 -
obs--97.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.46841.72051.3032.76310.82523.849-0.24890.5621-0.0758-0.33480.1732-0.0776-0.0740.21910.07570.2293-0.1218-0.04710.31540.00110.166194.362521.2946-15.4879
21.48050.03150.45541.43830.03691.0067-0.1022-0.04140.1271-0.09620.0367-0.0550.0045-0.03170.06550.1422-0.0305-0.02210.10670.0010.1176107.851828.73917.9341
31.384-1.2536-0.8732.73350.92294.0291-0.0087-0.22130.07940.2950.0128-0.02460.00170.1048-0.00410.2360.06220.0420.1932-0.00820.211697.696965.250.1062
41.09450.1077-0.08862.13640.01111.157-0.04120.0742-0.04390.09230.077-0.1699-0.1349-0.0431-0.03580.12710.0311-0.01710.07540.00160.1235109.281355.983325.7752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND (RESSEQ 36:134 OR RESSEQ 1391))
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND (RESSEQ 135:384 OR RESSEQ 1385)) OR (CHAIN X AND RESSEQ 200:222)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND (RESSEQ 35:134 OR RESSEQ 1392))
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND (RESSEQ 135:383 OR RESSEQ 1385)) OR (CHAIN Y AND RESSEQ 200:222)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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