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- PDB-4acm: CDK2 IN COMPLEX WITH 3-AMINO-6-(4-{[2-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]SULFAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4acm
タイトルCDK2 IN COMPLEX WITH 3-AMINO-6-(4-{[2-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]SULFAMOYL}-PHENYL)-N-PYRIDIN-3-YLPYRAZINE-2-CARBOXAMIDE
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
キーワードTRANSFERASE / MITOSIS / CELL CYCLE / SERINE/THREONINE- PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / CELL DIVISION / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / peptidyl-serine phosphorylation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7YG / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Berg, S. / Bhat, R. / Anderson, M. / Bergh, M. / Brassington, C. / Hellberg, S. / Jerning, E. / Hogdin, K. / Lo-Alfredsson, Y. / Neelissen, J. ...Berg, S. / Bhat, R. / Anderson, M. / Bergh, M. / Brassington, C. / Hellberg, S. / Jerning, E. / Hogdin, K. / Lo-Alfredsson, Y. / Neelissen, J. / Nilsson, Y. / Ormo, M. / Soderman, P. / Stanway, J. / Tucker, J. / von Berg, S. / Weigelt, T. / Xue, Y.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of novel potent and highly selective glycogen synthase kinase-3 beta (GSK3 beta ) inhibitors for Alzheimer's disease: design, synthesis, and characterization of pyrazines.
著者: Berg, S. / Bergh, M. / Hellberg, S. / Hogdin, K. / Lo-Alfredsson, Y. / Soderman, P. / von Berg, S. / Weigelt, T. / Ormo, M. / Xue, Y. / Tucker, J. / Neelissen, J. / Jerning, E. / Nilsson, Y. / Bhat, R.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6284
ポリマ－34,0031
非ポリマー6263
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.430, 71.810, 72.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 / P33 PROTEIN KINASE


分子量: 34002.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACETYLATION AT N-TERMINAL METHIONINE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-7YG / 3-AMINO-6-(4-{[2-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]SULFAMOYL}PHENYL)-N-PYRIDIN-3-YLPYRAZINE-2-CARBOXAMIDE


分子量: 441.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 8% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.05M AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月7日
放射モノクロメーター: SI(311) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→29.88 Å / Num. obs: 26915 / % possible obs: 74.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 26.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.63→1.71 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE CDK2 MODEL

解像度: 1.63→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9389 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9276 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 1333 4.97 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1854 26843 76.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.651 Å20 Å20 Å2
2---9.4468 Å20 Å2
3---5.7958 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 43 183 2387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012384HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.033263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d785SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes42HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes348HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2384HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion303SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies14HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3016SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.7 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 8 2.22 %
Rwork0.3083 353 -
all0.3071 361 -
obs--76.11 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.8543 Å / Origin y: 30.8176 Å / Origin z: 22.7325 Å
111213212223313233
T-0.0614 Å2-0.0011 Å2-0.0002 Å2--0.0812 Å20.0156 Å2---0.0634 Å2
L1.1852 °20.3106 °2-0.1712 °2-0.3579 °2-0.074 °2--2.0669 °2
S0.0337 Å °0.0805 Å °0.045 Å °0.0074 Å °-0.0063 Å °0.0962 Å °0.0126 Å °-0.0284 Å °-0.0274 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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