[日本語] English
万見
- PDB-2wma: Structural and thermodynamic consequences of cyclization of pepti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wma
タイトルStructural and thermodynamic consequences of cyclization of peptide ligands for the recruitment site of cyclin A
要素
  • CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
  • CYCLIC RKLFN-NH2
  • CYCLIN-A2
キーワードCELL CYCLE / CELL DIVISION / ANTI-ONCOGENE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMATIN REGULATOR / RECRUITMENT / TRANSCRIPTION / NUCLEUS / MITOSIS / ATP-BINDING / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / G2/M DNA replication checkpoint / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / cellular response to cocaine / female pronucleus / response to glucagon ...cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / G2/M DNA replication checkpoint / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / cellular response to cocaine / female pronucleus / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A2-CDK2 complex / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / regulation of heterochromatin organization / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / animal organ regeneration / microtubule organizing center / G0 and Early G1 / cochlea development / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / negative regulation of protein localization to chromatin / post-translational protein modification / regulation of mitotic cell cycle / cyclin binding / positive regulation of DNA replication / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to estradiol stimulus / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / meiotic cell cycle / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cellular senescence / G2/M transition of mitotic cell cycle / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Transcriptional regulation of granulopoiesis / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transcription regulator complex / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ras protein signal transduction / ciliary basal body / protein phosphorylation / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / cell division / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Robertson, G.F. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. / McDonnell, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Thermodynamic Consequences of Cyclization of Peptide Ligands for the Recruitment Site of Cyclin A
著者: Robertson, G.F. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. / Mcdonnell, J.M.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
B: CYCLIN-A2
C: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
D: CYCLIN-A2
E: CYCLIC RKLFN-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,1215
ポリマ－129,1215
非ポリマー00
水1,71195
1
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
B: CYCLIN-A2
E: CYCLIC RKLFN-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9003
ポリマ－64,9003
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-23.1 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
2
C: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
D: CYCLIN-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2212
ポリマ－64,2212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-13.2 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.792, 131.853, 146.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 / CDK2 / P33 PROTEIN KINASE


分子量: 34467.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6-P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 CYCLIN-A2 / CYCLIN-A


分子量: 29753.410 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 174-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET21D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20248
#3: タンパク質・ペプチド CYCLIC RKLFN-NH2


分子量: 678.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 10MM HEPES PH 7, 100MM NACL 1.1 TO 1.25M AMMONIUM SULPHATE, 0.7 TO 0.85M KCL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 44032 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H28

1h28


解像度: 2.8→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 16.922 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28514 1764 5 %RANDOM
Rwork0.21093 ---
obs0.21476 33594 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.55 Å2-0 Å20 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8732 0 0 95 8827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.97912137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96451078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.02123.938386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.907151586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9311544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.25320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.26186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2980.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.55545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03928814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16233807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.954.53323
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 117 -
Rwork0.299 2462 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る