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- PDB-3zqh: Structure of Tetracycline repressor in complex with inducer pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zqh
タイトルStructure of Tetracycline repressor in complex with inducer peptide- TIP3
要素
  • INDUCER PEPTIDE TIP3
  • TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
キーワードTRANSCRIPTION / TETR / PEPTIDIC EFFECTORS / ALLOSTERY
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sevvana, M. / Goeke, D. / Stoeckle, C. / Kaspar, D. / Grubmueller, S. / Goetz, C. / Wimmer, C. / Berens, C. / Klotzsche, M. / Muller, Y.A. / Hillen, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: An Exclusive Alpha/Beta Code Directs Allostery in Tetr-Peptide Complexes.
著者: Sevvana, M. / Goetz, C. / Goeke, D. / Wimmer, C. / Berens, C. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Other
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
C: INDUCER PEPTIDE TIP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5054
ポリマ－25,3812
非ポリマー1242
水3,279182
1
A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
C: INDUCER PEPTIDE TIP3
ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
C: INDUCER PEPTIDE TIP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0108
ポリマ－50,7624
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-54.2 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.350, 57.340, 57.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2001-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D


分子量: 23531.662 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-187,188-208 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERIC PROTEIN, RESIDUES 1-187 ARE FROM VARIANT B, RESIDUES 188-208 ARE FROM VARIANT D
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: タンパク質・ペプチド INDUCER PEPTIDE TIP3


分子量: 1849.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 88 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 88 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 121 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 144 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 0.2 M NACL, 0.1 M TRIS PH 9.0, 25% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-225 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 28325 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.47 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NS8

2ns8


解像度: 1.6→24.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.222 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22401 1416 5 %RANDOM
Rwork0.18048 ---
obs0.18273 26893 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-0.28 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1730 0 8 182 1920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0211845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2221.9622508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9635233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9123.58792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52615331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3851.51112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1721799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3813733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2214.5701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 78 -
Rwork0.253 1474 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7904-0.29580.73851.0738-1.05182.3971-0.0076-0.2968-0.2921-0.09650.10070.220.2574-0.0315-0.09310.15530.0598-0.00140.17730.06350.15812.3991-20.70812.0368
20.4411-0.6220.21522.3297-0.26481.04090.0188-0.12190.11690.02260.0476-0.151-0.0580.1366-0.06650.1153-0.0173-0.00180.1741-0.02050.162211.09420.55238.0739
30.970.18640.11620.94010.58862.27220.0116-0.0940.0571-0.00890.0696-0.0836-0.07660.1656-0.08120.10860.010.02280.1082-0.02090.10674.09383.76756.6177
40.7776-0.1374-0.06240.75980.96622.4917-0.02740.17170.2588-0.09620.05160.001-0.29090.1808-0.02410.1789-0.0290.0140.13410.04510.16694.540711.473-9.6467
51.0721.525-0.82962.1698-1.195319.30960.0047-0.0311-0.07980.011-0.0401-0.11570.57220.4450.03540.05590.0233-0.01650.152-0.03370.0191-8.5585-2.6324.6746
67.37535.95570.8454.82540.68270.09880.1186-0.23420.55110.0525-0.18850.42390.0141-0.01390.06990.10740.02340.0310.1046-0.02130.08620.31121.410312.0924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4A162 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5C4 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6C10 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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