PDB-2ns8: How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ns8

タイトル

How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor

要素

16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)
Tetracycline repressor protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription regulator / helix-turn-helix / bound repressor-inducing peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Luckner, S.R. / Klotzsche, M. / Berens, C. / Hillen, W. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: How an agonist peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce Tet-repressor
著者: Luckner, S.R. / Klotzsche, M. / Berens, C. / Hillen, W. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2006年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.5	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ns8.cif.gz	174.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ns8.ent.gz	141.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ns8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ns7C 2tctS 1qpi S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fko-1 3zqh-1 5fkk-d 6rbm-1 4s0t-2 1jtx-2 4b3a-1 3fk7-d 3ccy-1 5fkm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tetracycline repressor protein

B: Tetracycline repressor protein

C: Tetracycline repressor protein

D: Tetracycline repressor protein

H: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

E: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

F: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

G: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

Z: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

102 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetracycline repressor protein

B: Tetracycline repressor protein

H: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

E: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

Z: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tetracycline repressor protein

D: Tetracycline repressor protein

F: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

G: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Tetracycline repressor protein

D: Tetracycline repressor protein

F: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

G: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

A: Tetracycline repressor protein

B: Tetracycline repressor protein

H: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

E: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

Z: 16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide)

ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.890, 200.590, 65.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	SER	SER	A	A	8 - 68	8 - 68
2	1	1	LYS	LYS	SER	SER	B	B	8 - 68	8 - 68
3	1	1	LYS	LYS	SER	SER	C	C	8 - 68	8 - 68
4	1	1	LYS	LYS	SER	SER	D	D	8 - 68	8 - 68
5	2	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	74 - 154	74 - 154
6	2	1	SER	SER	ALA	ALA	B	B	74 - 154	74 - 154
7	2	1	SER	SER	ALA	ALA	C	C	74 - 154	74 - 154
8	2	1	SER	SER	ALA	ALA	D	D	74 - 154	74 - 154
9	3	1	MET	MET	GLN	GLN	A	A	166 - 200	166 - 200
10	3	1	MET	MET	GLN	GLN	B	B	166 - 200	166 - 200
11	3	1	MET	MET	GLN	GLN	C	C	166 - 200	166 - 200
12	3	1	MET	MET	GLN	GLN	D	D	166 - 200	166 - 200
1	1	2	TRP	TRP	ALA	ALA	H	E	1 - 10	2 - 11
2	1	2	TRP	TRP	ALA	ALA	E	F	1 - 10	2 - 11
3	1	2	TRP	TRP	ALA	ALA	F	G	1 - 10	2 - 11
4	1	2	TRP	TRP	ALA	ALA	G	H	1 - 10	2 - 11

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Tetracycline repressor protein 分子量: 23531.662 Da / 分子数: 4 / 変異: C68S, C88N, C121T, C144S / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-187 are from VARIANT B, residues 188-208 are from VARIANT D 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tetR / プラスミド: pWH610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: タンパク質・ペプチド	16 residue peptide Tip (Transcription inducing peptide) 分子量: 1668.764 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide has been synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 4M sodium formate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月13日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 33932 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 43.938 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.93

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	% possible all
2.55-2.71		0.483	3.7	26231	5316	98.2
2.71-2.89		0.336	5.3	25159	5077	99.6
2.89-3.12		0.237	7.3	23388	4730	99.7
3.12-3.42		0.135	11.8	21648	4384	99.7
3.42-3.82		0.077	19	19524	3969	99.7
3.82-4.4		0.051	25.8	17332	3565	99.7
4.4-5.37		0.047	28.1	14691	3029	99.8
	5.37	0.047	27.1	11401	2401	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TCT

2tct

解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 24.42 / SU ML: 0.246 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: individual isotropic and TLS refinement
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.74 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	2713	8 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.211	33914	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6884	0	0	0	6884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	7038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.38	1.949	9537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	3	14695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.2	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.724	24.423	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.243	15	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.824	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	6604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.099	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.691	1.5	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.824	2	6830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.252	3	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.91	4.5	2707

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2727	LOOSE POSITIONAL	0.81	5
1	2	B	2727	LOOSE POSITIONAL	0.88	5
1	3	C	2727	LOOSE POSITIONAL	0.8	5
1	4	D	2727	LOOSE POSITIONAL	0.78	5
1	1	A	2727	LOOSE THERMAL	1.88	10
1	2	B	2727	LOOSE THERMAL	2.89	10
1	3	C	2727	LOOSE THERMAL	2.16	10
1	4	D	2727	LOOSE THERMAL	1.72	10
2	1	H	153	LOOSE POSITIONAL	0.3	5
2	2	E	153	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
2	3	F	153	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
2	4	G	153	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
2	1	H	153	LOOSE THERMAL	3.73	10
2	2	E	153	LOOSE THERMAL	1.07	10
2	3	F	153	LOOSE THERMAL	2.17	10
2	4	G	153	LOOSE THERMAL	1.3	10

LS精密化シェル

解像度: 2.553→2.69 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	382	-
R_work	0.279	4389	-
obs	-	4771	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2374	-0.3921	0.3424	3.1938	-0.1114	0.9775	0.0426	0.1066	0.225	-0.2429	0.0052	0.0051	-0.0312	-0.0258	-0.0478	-0.2754	-0.0079	-0.0102	-0.1945	-0.0106	-0.3221	29.2391	54.0801	14.9233
2	2.2535	0.8912	0.2717	1.0962	-0.0013	0.6298	0.0165	0.1634	-0.0744	-0.2695	0.0429	-0.2319	0.0154	0.1753	-0.0595	-0.2372	0.0135	-0.0004	-0.1545	0.0197	-0.3009	46.5012	46.5272	18.7681
3	0.9472	0.7591	0.4935	5.0696	2.2905	1.062	-0.0646	-0.0861	-0.1334	0.5187	-0.1485	0.2859	0.0614	0.0237	0.2131	-0.1338	0.0047	0.0395	-0.1622	-0.0122	-0.0965	15.713	9.1618	-7.8827
4	1.4282	1.2846	-0.1662	5.14	-1.7185	0.6857	-0.1604	0.2174	-0.2972	-0.3463	-0.0866	-0.4341	0.0889	0.2236	0.247	-0.142	0.0538	0.079	-0.1071	-0.0389	-0.0631	26.8276	7.218	-23.3339

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	6 - 154	6 - 154
2	1	A	A	165 - 202	165 - 202
3	1	H	E	1 - 10	2 - 11
4	2	B	B	6 - 154	6 - 154
5	2	B	B	165 - 202	165 - 202
6	2	E	F	1 - 10	2 - 11
7	3	C	C	6 - 154	6 - 154
8	3	C	C	165 - 202	165 - 202
9	3	F	G	1 - 10	2 - 11
10	4	D	D	6 - 154	6 - 154
11	4	D	D	165 - 202	165 - 202
12	4	G	H	1 - 10	2 - 11

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