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- PDB-4r7x: Crystal structure of N-lobe of human ARRDC3(1-180) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7x
タイトルCrystal structure of N-lobe of human ARRDC3(1-180)
要素Arrestin domain-containing protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / arrestin fold / GPCR downregulation / Beat 2 adrenergic receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heat generation / beta-3 adrenergic receptor binding / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of hippo signaling / heat generation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / fat pad development / skin development ...negative regulation of heat generation / beta-3 adrenergic receptor binding / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of hippo signaling / heat generation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / fat pad development / skin development / protein transport / early endosome / lysosome / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Arrestin domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Qi, S. / Hurley, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Insights into beta 2-adrenergic receptor binding from structures of the N-terminal lobe of ARRDC3.
著者: Qi, S. / O'Hayre, M. / Gutkind, J.S. / Hurley, J.H.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arrestin domain-containing protein 3
B: Arrestin domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,82713
ポリマ－41,7832
非ポリマー1,04511
水23413
1
A: Arrestin domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4617
ポリマ－20,8911
非ポリマー5706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arrestin domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3666
ポリマ－20,8911
非ポリマー4755
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.941, 107.941, 117.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

PO4

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要素

#1: タンパク質 Arrestin domain-containing protein 3 / TBP-2-like inducible membrane protein / TLIMP


分子量: 20891.338 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARRDC3, KIAA1376 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96B67
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.75M NH4H2PO4, 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate, 3.0% (W/V) 6-Aminohexanoic acid, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. all: 21676 / Num. obs: 20902 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.61→2.74 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→32.026 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1065 5.1 %
Rwork0.2082 --
obs0.2104 20902 95.73 %
all-21676 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→32.026 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 55 13 2485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6973416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.29888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.72580.40771330.33772281X-RAY DIFFRACTION90
2.7258-2.86950.41281290.3292393X-RAY DIFFRACTION95
2.8695-3.04910.3681230.33022257X-RAY DIFFRACTION88
3.0491-3.28430.34241260.28712391X-RAY DIFFRACTION93
3.2843-3.61440.25171480.21452533X-RAY DIFFRACTION99
3.6144-4.13650.20291290.17872587X-RAY DIFFRACTION100
4.1365-5.20790.20491370.15342631X-RAY DIFFRACTION100
5.2079-32.02840.2311400.19632764X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.7002 Å / Origin y: 32.3354 Å / Origin z: 14.8749 Å
111213212223313233
T0.3972 Å20.0122 Å2-0.0045 Å2-0.3643 Å2-0.0233 Å2--0.3872 Å2
L0.3881 °2-0.003 °20.1431 °2-0.1915 °2-0.2246 °2--0.365 °2
S0.0669 Å °-0.0378 Å °-0.0529 Å °0.0406 Å °-0.0037 Å °-0.0064 Å °0.1707 Å °0.0387 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:168 OR RESID 201:206 OR RESID 301:305 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:205 OR RESID 3:168 OR RESID 301:308 ) )A3 - 168
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:168 OR RESID 201:206 OR RESID 301:305 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:205 OR RESID 3:168 OR RESID 301:308 ) )A201 - 206
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:168 OR RESID 201:206 OR RESID 301:305 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:205 OR RESID 3:168 OR RESID 301:308 ) )A301 - 305
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:168 OR RESID 201:206 OR RESID 301:305 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:205 OR RESID 3:168 OR RESID 301:308 ) )B201 - 205
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:168 OR RESID 201:206 OR RESID 301:305 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:205 OR RESID 3:168 OR RESID 301:308 ) )B3 - 168
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:168 OR RESID 201:206 OR RESID 301:305 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 201:205 OR RESID 3:168 OR RESID 301:308 ) )B301 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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