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- PDB-5fhp: SeMet regulator of nicotine degradation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhp
タイトルSeMet regulator of nicotine degradation
要素NicR
キーワードAPOPTOSIS / co-crystal derepression / Nicotine regulator 2
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
PsrA, tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...PsrA, tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / NicR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhang, K. / Tang, H. / Wu, G. / Wang, W. / Hu, H. / Xu, P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese National Natural Science Foundation31230002 中国
Chinese National Natural Science Foundation31270154 中国
Chinese National Science Foundation for Excellent Young Scholars31422004 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal Structure of NicR2_Hsp
著者: Zhang, K. / Tang, H. / Wu, G. / Wang, W. / Hu, H. / Xu, P.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NicR
B: NicR
C: NicR
D: NicR
E: NicR
F: NicR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,10712
ポリマ－147,5316
非ポリマー5766
水3,315184
1
A: NicR
D: NicR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3614
ポリマ－49,1772
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
2
B: NicR
F: NicR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3734
ポリマ－49,1772
非ポリマー1962
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
3
C: NicR
E: NicR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3734
ポリマ－49,1772
非ポリマー1962
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.011, 150.011, 156.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
NicR


分子量: 24588.500 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 31-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain S16) (バクテリア)
株: S16 / 遺伝子: nicR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B4KIF6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.82 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1M Sodium malonate pH5.0, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH4.5, 2%(w/v) polyethylene 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 52428 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Net I/σ(I): 36.96
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 8.41 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→41.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 10.158 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.564 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25055 2672 5.1 %RANDOM
Rwork0.19677 ---
obs0.1995 49682 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9940 0 38 184 10162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01910165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.97113691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.093322118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22451222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22723.981525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.834151671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5571577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.2673.7954912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other11.2663.7944911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.9085.6566126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.9075.6576127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.6254.2575253
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other12.6254.2575253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.5036.1587566
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.74829.97511733
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.75529.98111722
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 218 -
Rwork0.241 3529 -
obs--98.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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