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- PDB-3ucx: The structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacterium s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ucx
タイトルThe structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis
要素Short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / dehydrogenase
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Short chain dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3854
ポリマ－27,9911
非ポリマー3943
水3,873215
1
A: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,53916
ポリマ－111,9634
非ポリマー1,57612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area13270 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area36610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.430, 105.430, 94.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

21A-356-

HOH

31A-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Short chain dehydrogenase


分子量: 27990.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5931 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R4R9, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 51.1 mg/mL MysmA.00762.a.A1 PS00612, 40% PEG300, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, 200 mM calcium acetate, cryo-protectant: 25% ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.091 Å / Num. all: 27142 / Num. obs: 26756 / % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 32.84
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.85-1.90.4773.640.456190.5
1.9-1.95195.5
1.95-2.01196.9
2.01-2.07198.4
2.07-2.14199.6
2.14-2.21199.9
2.21-2.29199.9
2.29-2.39199.9
2.39-2.49199.9
2.49-2.62199.9
2.62-2.76199.9
2.76-2.931100
2.93-3.13199.1
3.13-3.38199.8
3.38-3.71100
3.7-4.14199.9
4.14-4.781100
4.78-5.851100
5.85-8.271100
8.27-46.091197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.09 Å
Translation2.5 Å46.09 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PGX

3pgx


解像度: 1.85→46.091 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.1675 / WRfactor Rwork: 0.1533 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8899 / SU B: 3.916 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.1154 / SU Rfree: 0.1028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1879 1343 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.1729 26755 98.57 %-
all-26778 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.81 Å2 / Biso mean: 22.69 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 25 215 2113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9732624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91733069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4955263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54224.72272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03215308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3921510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02366
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 76 -
Rwork0.23 1566 -
all-1642 -
obs--89.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 67.1762 Å / Origin y: -4.4337 Å / Origin z: 31.219 Å
111213212223313233
T0.0555 Å2-0.0093 Å20.0345 Å2-0.0226 Å2-0.0132 Å2--0.036 Å2
L0.4124 °20.1058 °20.0408 °2-0.5343 °2-0.1253 °2--0.3284 °2
S-0.0456 Å °0.0598 Å °-0.0771 Å °-0.09 Å °0.0277 Å °-0.0655 Å °0.0434 Å °0.0625 Å °0.018 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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