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- PDB-5b4v: Crystal structure of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Alcal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4v
タイトルCrystal structure of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Alcaligenes faecalis complexed with NAD+ and an inhibitor methylmalonate
要素3-hydroxybutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Short-chain dehydrogenases/reductases / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLMALONIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kanazawa, H. / Tsunoda, M. / Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Yamamoto, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the catalytic reaction trigger and inhibition of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase
著者: Kanazawa, H. / Hoque, M.M. / Tsunoda, M. / Suzuki, K. / Yamamoto, T. / Kawai, G. / Kondo, J. / Takenaka, A.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0057
ポリマ－27,1191
非ポリマー8866
水4,396244
1
A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,02028
ポリマ－108,4764
非ポリマー3,54424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area18110 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area33140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.770, 62.770, 119.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

NA

21A-644-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-hydroxybutyrate dehydrogenase / D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量: 27118.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
遺伝子: UZ73_03715 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWQ0, 3-hydroxybutyrate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 250分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DXX / METHYLMALONIC ACID / メチルマロン酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 34% PEG 4000, 100mM Tris hydrochloride pH 8.5, 200mM sodium methylmalonate, 5mM NAD+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→22.9 Å / Num. obs: 38406 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.3 % / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 7.353 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.5812.70.2942.6199.1
1.58-1.68130.2313.3199.2
1.68-1.7913.50.1824.2199.4
1.79-1.9413.80.1455.2199.6
1.94-2.12140.1017.2199.8
2.12-2.37140.0749.3199.9
2.37-2.7413.80.06410.31100
2.74-3.3513.40.05911.2199.4
3.35-4.7411.90.05113.1193.1
4.74-22.910.50.04614.4186.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.5→21.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.902 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.065
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1626 3820 10 %RANDOM
Rwork0.1396 ---
obs0.1419 34501 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.91 Å2 / Biso mean: 13.692 Å2 / Biso min: 5.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→21.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 56 244 2206
Biso mean--11.26 24.35 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.9882831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63134664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7775282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01225.84477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48215348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.547157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02442
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 248 -
Rwork0.147 2545 -
all-2793 -
obs--98.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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