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- PDB-5yss: Crystal structure of aminocaproic acid cyclase in complex with NAD (+) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yss
タイトルCrystal structure of aminocaproic acid cyclase in complex with NAD (+)
要素3-hydroxybutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cyclase / NAD binding protein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity
類似検索 - 分子機能
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.276 Å
データ登録者Fu, Y. / Yeom, S.J. / Lee, S.G.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2018R1A2B3004755 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A synthetic microbial biosensor for high-throughput screening of lactam biocatalysts
著者: Yeom, S.J. / Kim, M. / Kwon, K.K. / Fu, Y. / Rha, E. / Park, S.H. / Lee, H. / Kim, H. / Lee, D.H. / Kim, D.M. / Lee, S.G.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3306
ポリマ－108,0034
非ポリマー1,3272
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13930 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.470, 148.259, 62.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / aminocaproic acid cyclase / BdhA


分子量: 27000.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: AZ002_004124, BED45_07125, CES93_13130, HMPREF3212_01462, TO64_00155
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D7LY80
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 103.5 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.276→50 Å / Num. obs: 46488 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 43.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 2.429 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.29-2.3360.89121260.8310.3720.9681.52482.3
2.33-2.376.80.79323420.910.3190.8551.49795.2
2.37-2.427.10.72523520.9220.2870.781.56891.8
2.42-2.477.20.7123710.9080.2810.7641.57795.8
2.47-2.527.20.61624030.9270.2430.6631.5992.9
2.52-2.587.20.46923460.9570.1850.5051.68895
2.58-2.647.20.41223590.9740.1630.4441.7493.6
2.64-2.727.20.35723930.9760.1410.3841.78394.1
2.72-2.797.20.27323450.980.1080.2941.94493.5
2.79-2.897.20.23723480.9870.0940.2552.00793.2
2.89-2.997.10.18523710.9880.0740.1992.21592.8
2.99-3.117.10.16323490.9910.0650.1762.34393.9
3.11-3.2570.13923500.9920.0560.152.63293.5
3.25-3.4270.11223770.9940.0450.1212.96493.6
3.42-3.636.70.0923440.9940.0370.0983.29492.7
3.63-3.926.50.08223320.9940.0350.0893.63191.3
3.92-4.316.30.07422580.9940.0320.0813.86389.8
4.31-4.935.90.0721690.9930.0320.0774.04585
4.93-6.216.40.06623900.9950.0290.0723.82993.5
6.21-506.30.06321630.9950.0270.0683.97783.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q2Q

2q2q


解像度: 2.276→30.611 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 2309 4.98 %
Rwork0.1965 --
obs0.1999 46375 91.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.276→30.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7552 0 88 67 7707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08310602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5852722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.276-2.32550.38681170.29662309X-RAY DIFFRACTION76
2.3255-2.37960.31731600.27722777X-RAY DIFFRACTION95
2.3796-2.43910.28811720.26082769X-RAY DIFFRACTION94
2.4391-2.5050.33281630.25792847X-RAY DIFFRACTION93
2.505-2.57860.34051370.23762842X-RAY DIFFRACTION94
2.5786-2.66180.33841460.23992787X-RAY DIFFRACTION94
2.6618-2.75690.30521760.22052804X-RAY DIFFRACTION93
2.7569-2.86720.28331540.21322793X-RAY DIFFRACTION93
2.8672-2.99760.24891500.20262823X-RAY DIFFRACTION93
2.9976-3.15550.29631530.22382812X-RAY DIFFRACTION93
3.1555-3.3530.25041490.20362814X-RAY DIFFRACTION94
3.353-3.61150.2941330.18062824X-RAY DIFFRACTION93
3.6115-3.97420.20731090.16982806X-RAY DIFFRACTION92
3.9742-4.54770.24371620.16222623X-RAY DIFFRACTION87
4.5477-5.72350.22961170.17592757X-RAY DIFFRACTION90
5.7235-30.61420.28971110.1892679X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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