PDB-3trb: Structure of an addiction module antidote protein of a HigA (higA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3trb

タイトル

Structure of an addiction module antidote protein of a HigA (higA) family from Coxiella burnetii

要素

Virulence-associated protein I

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Mobile and extrachromosomal element functions

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3trb.cif.gz	90.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3trb.ent.gz	69.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3trb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 3cecS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wn3-1 5uwa-d 5v83-d 6qbr-d 3tng-1 6qbm-d 7a17-3 3uf6-d 6bg3-d 7bu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Virulence-associated protein I

B: Virulence-associated protein I

23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Virulence-associated protein I

B: Virulence-associated protein I

A: Virulence-associated protein I

B: Virulence-associated protein I

ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.669, 44.669, 221.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Virulence-associated protein I 分子量: 11674.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_1490, higA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83BL4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M calcium chloride 20% PEG 3350, pH 7.5, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 16259 / Num. obs: 15412 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 20.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	2.4	0.209	704	0.647	1	88
2.03-2.07	3.1	0.191	692	0.678	1	90.6
2.07-2.11	4.1	0.166	726	0.68	1	90.3
2.11-2.15	4.1	0.134	708	0.698	1	91.5
2.15-2.2	4.2	0.129	713	0.685	1	92.8
2.2-2.25	4.1	0.106	747	0.708	1	92.6
2.25-2.31	4.1	0.097	721	0.732	1	92.1
2.31-2.37	4.1	0.087	753	0.732	1	93.9
2.37-2.44	4.1	0.074	752	0.765	1	94.5
2.44-2.52	4.1	0.063	754	0.789	1	95
2.52-2.61	4.2	0.059	760	0.833	1	95.5
2.61-2.71	4.1	0.049	759	0.818	1	95.2
2.71-2.84	4.2	0.042	773	0.828	1	95.8
2.84-2.99	4.2	0.041	795	0.93	1	96.5
2.99-3.17	4.4	0.038	808	1.198	1	99.8
3.17-3.42	4.7	0.033	815	1.254	1	99.8
3.42-3.76	4.7	0.03	820	1.311	1	99.4
3.76-4.31	5	0.027	830	1.353	1	98.9
4.31-5.43	6.3	0.027	862	1.309	1	98.6
5.43-50	8.4	0.031	920	1.535	1	94.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CEC

3cec

解像度: 2.001→34.777 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.8664 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	778	5.06 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
all	0.2011	16984	-	-
obs	0.2011	15371	95.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.4 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.34 Å² / B_iso mean: 34.1258 Å² / B_iso min: 11.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6931 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.6931 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.3862 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→34.777 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1444	0	0	138	1582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5	2032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	259
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.797	572

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0009-2.1262	0.2823	135	0.2203	2238	2373	90
2.1262-2.2903	0.2268	125	0.1939	2257	2382	92
2.2903-2.5208	0.2076	123	0.2028	2390	2513	94
2.5208-2.8854	0.2911	125	0.2009	2415	2540	96
2.8854-3.6347	0.2334	144	0.2083	2540	2684	99
3.6347-34.7823	0.2401	126	0.1895	2753	2879	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6087	0.5742	-0.8666	0.2834	-0.2796	1.8739	0.593	0.2009	0.9775	-0.0403	-0.5059	0.1015	-0.7031	0.3615	-0.0521	0.2836	0.0079	0.042	0.2198	0.0365	0.4605	21.2337	29.1623	23.0414
2	1.0074	-0.0581	-0.2044	0.922	0.1963	0.128	0.0095	-0.1742	0.0589	0.092	0.0753	0.0473	-0.9495	-0.217	-0.0599	0.4134	0.0547	0.0363	0.2747	-0.0144	0.185	9.2882	29.7435	28.2145
3	0.6892	-0.0185	0.1015	0.4255	0.1795	0.3399	0.1258	-0.3301	0.1443	0.7401	-0.6858	1.1135	0.1064	-0.8511	0.1151	0.3966	0.0739	0.1249	0.2993	-0.1116	0.2603	1.3099	24.3933	34.1222
4	3.3975	0.1517	-1.3192	1.5482	-1.717	3.0638	-0.0936	-0.4114	-0.7589	0.5742	-0.1351	-0.1396	-0.0648	0.3677	0.1864	0.3681	0.0451	0.0763	0.2192	0.0112	0.2291	8.6384	16.761	32.6318
5	1.5524	-0.0433	-0.3846	0.2451	-0.0476	0.1046	-0.2623	-0.0089	-0.0995	0.1684	0.1771	0.1125	-0.4239	0.765	0.1968	0.3362	0.0111	-0.0413	0.3477	-0.0038	0.1837	14.9464	16.7665	27.8292
6	0.7858	-0.2029	-0.0124	1.1121	-0.809	1.0813	-0.0042	-0.0002	-0.0319	0.1913	-0.0232	-0.1522	-0.1362	-0.154	-0.0027	0.2277	0.0214	0.0462	0.2262	-0.0495	0.2288	2.2031	20.1324	21.7177
7	1.2613	0.008	-0.5764	0.4737	0.2223	0.6468	-0.2366	0.358	0.4845	-0.1159	0.2513	-0.1322	-0.2128	0.2775	-0.1275	0.2005	-0.0683	0.0609	0.3291	-0.0634	0.2183	24.3585	20.6067	14.3558
8	0.1815	0.2739	0.6367	2.2719	-0.6049	3.5939	-0.1175	-0.011	0.0583	-0.015	-0.0537	0.3531	0.2635	-0.6376	0.1919	0.2147	-0.0253	-0.0015	0.2535	-0.0401	0.2927	15.8657	8.7682	0.1256
9	1.6353	-0.0068	1.8134	5.1294	0.1122	2.2442	0.3192	0.3495	-0.4361	-0.7114	0.3279	0.296	0.9004	1.1226	-0.654	0.5013	0.0219	-0.0488	0.487	-0.0162	0.3487	28.2948	5.6951	-6.1412
10	1.6174	-0.2207	-0.8011	0.5283	0.7535	1.1279	0.3397	-0.2994	-0.1509	0.1943	-0.2079	-0.0713	0.7111	0.4711	-0.0459	0.2959	0.112	0.0194	0.2914	0.0104	0.2804	28.682	5.0929	6.3522
11	2.2772	0.049	0.1315	3.3284	0.9744	1.5461	0.2239	-0.2195	0.2408	0.1255	-0.5134	0.431	0.4453	0.0093	0.285	0.2726	-0.0341	0.0297	0.2382	0.0163	0.2139	19.1284	6.2788	11.5224
12	0.3556	-0.0791	-0.1491	0.1396	0.4909	1.4919	0.0387	-0.0366	0.4482	-0.0093	-0.0849	-0.4145	0.1234	0.0094	-0.0042	0.1575	0.0373	0.0131	0.2066	0.0447	0.1983	26.2553	16.9154	6.1427
13	1.0078	-0.519	0.0264	0.5556	-0.5004	0.6146	-0.1249	0.2205	-0.2055	-0.167	-0.1156	0.1572	0.2386	-0.2333	0.1945	0.2199	-0.0399	0.0478	0.1986	-0.0833	0.2372	6.5931	12.7991	13.8833
14	0.8444	-0.0937	-0.7871	0.0066	0.081	0.7156	-0.4194	-0.2456	0.5097	0.1238	-0.4316	0.091	-0.5292	-0.3958	-0.188	-0.7755	0.9981	0.4798	-0.2602	-0.3639	0.5978	-5.4355	24.4265	26.2719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:10)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 11:21)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 22:34)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 35:45)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 46:52)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 53:66)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 67:97)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 7:21)	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 22:26)	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 27:45)	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 46:52)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 53:66)	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 67:93)	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 94:98)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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