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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bg3 | ||||||
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タイトル | Structure of (3S,4S)-1-benzyl-4-(3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)ureido)piperidin-3-yl acetate bound to DCN1 | ||||||
要素 | Endolysin, DCN1-like protein 1 chimeraLysin | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / LIGASE/INHIBITOR / E3 Ligase (ユビキチンリガーゼ) / LIGASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / Neddylation / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Guy, R.K. / Schulman, B.A. / Scott, D.C. / Hammill, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018 タイトル: Piperidinyl Ureas Chemically Control Defective in Cullin Neddylation 1 (DCN1)-Mediated Cullin Neddylation. 著者: Hammill, J.T. / Scott, D.C. / Min, J. / Connelly, M.C. / Holbrook, G. / Zhu, F. / Matheny, A. / Yang, L. / Singh, B. / Schulman, B.A. / Guy, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bg3.cif.gz | 299.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bg3.ent.gz | 233.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/6bg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/6bg3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44307.352 Da / 分子数: 1 / 断片: PONY / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: E, DCUN1D1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / プラスミド: pRSF DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: Q96GG9, リゾチーム |
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#2: 化合物 | ChemComp-DOJ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % / Mosaicity: 0.22 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 6% PEG3350, 0.2M NH4Br |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 176138 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 571480 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2LZM, 3TDU 解像度: 1.05→49.279 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.86 Å2 / Biso mean: 21.7765 Å2 / Biso min: 8.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.05→49.279 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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