PDB-3tr9: Structure of a dihydropteroate synthase (folP) in complex with pt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tr9

タイトル

Structure of a dihydropteroate synthase (folP) in complex with pteroic acid from Coxiella burnetii

要素

Dihydropteroate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Biosynthesis of cofactors / prosthetic groups / and carriers

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tr9.cif.gz	449.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tr9.ent.gz	369.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 1aj0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gdr-d 2xad-d 3gdt-d 4lx4-d 1pgu-d 6pi1-d 6pia-d 3pb0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydropteroate synthase

B: Dihydropteroate synthase

C: Dihydropteroate synthase

D: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

C: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

D: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.877, 86.883, 158.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dihydropteroate synthase 分子量: 35878.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_1351, folP / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83BY6, dihydropteroate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PT1 / PTEROIC ACID / プテロイン酸分子量: 312.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M MES pH 5.0, 10% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.895→50 Å / Num. all: 95520 / Num. obs: 95425 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.377 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	4.3	0.604	4711	0.442	1	100
1.93-1.97	4.3	0.494	4675	0.465	1	99.9
1.97-2.01	4.3	0.414	4746	0.475	1	100
2.01-2.05	4.3	0.345	4696	0.509	1	100
2.05-2.09	4.3	0.28	4731	0.543	1	100
2.09-2.14	4.3	0.239	4685	0.573	1	100
2.14-2.19	4.4	0.201	4732	0.623	1	99.9
2.19-2.25	4.4	0.176	4753	0.63	1	100
2.25-2.32	4.4	0.16	4719	0.711	1	100
2.32-2.39	4.5	0.135	4745	0.769	1	100
2.39-2.48	4.6	0.118	4786	0.835	1	100
2.48-2.58	4.7	0.112	4717	0.916	1	100
2.58-2.7	4.7	0.098	4765	1.043	1	100
2.7-2.84	4.8	0.089	4757	1.222	1	100
2.84-3.02	4.8	0.084	4788	1.503	1	100
3.02-3.25	4.8	0.079	4794	1.923	1	99.9
3.25-3.58	4.7	0.068	4790	2.301	1	99.9
3.58-4.09	4.7	0.059	4842	2.573	1	99.9
4.09-5.16	6.9	0.068	4896	2.539	1	99.9
5.16-50	9.1	0.078	5097	3.034	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AJ0

1aj0

解像度: 1.895→43.442 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8804 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2116	4782	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1724	-	-	-
obs	0.1743	95310	99.74 %	-
all	-	100352	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.985 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.12 Å² / B_iso mean: 29.7166 Å² / B_iso min: 7.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8488 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.1215 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.2727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→43.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8539	0	97	650	9286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	11930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.744	3337

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8954-1.9169	0.3167	138	0.2709	2784	2922	94
1.9169-1.9395	0.2791	159	0.249	3011	3170	100
1.9395-1.9631	0.2695	153	0.2315	2984	3137	100
1.9631-1.988	0.2787	144	0.2154	3001	3145	100
1.988-2.0141	0.2591	166	0.2163	2985	3151	100
2.0141-2.0417	0.2384	167	0.1968	2978	3145	100
2.0417-2.0709	0.225	162	0.1804	3009	3171	100
2.0709-2.1018	0.2145	174	0.176	2965	3139	100
2.1018-2.1346	0.2238	147	0.1647	2987	3134	100
2.1346-2.1696	0.1972	145	0.1584	3042	3187	100
2.1696-2.207	0.1966	161	0.164	2948	3109	100
2.207-2.2472	0.2095	149	0.1594	3018	3167	100
2.2472-2.2904	0.2211	177	0.1632	3016	3193	100
2.2904-2.3371	0.2052	166	0.1601	2971	3137	100
2.3371-2.3879	0.2145	160	0.1568	3011	3171	100
2.3879-2.4435	0.1989	152	0.166	2988	3140	100
2.4435-2.5046	0.2213	173	0.1634	3045	3218	100
2.5046-2.5723	0.2026	147	0.164	3001	3148	100
2.5723-2.648	0.2172	165	0.1619	2997	3162	100
2.648-2.7334	0.1975	170	0.1599	3035	3205	100
2.7334-2.8311	0.214	125	0.1682	3042	3167	100
2.8311-2.9444	0.2046	168	0.1731	3022	3190	100
2.9444-3.0784	0.2019	164	0.1744	3036	3200	100
3.0784-3.2407	0.2202	183	0.179	3012	3195	100
3.2407-3.4436	0.2012	158	0.1708	3039	3197	100
3.4436-3.7094	0.1927	151	0.1654	3062	3213	100
3.7094-4.0824	0.1917	153	0.1536	3073	3226	100
4.0824-4.6726	0.1956	149	0.1497	3090	3239	100
4.6726-5.8846	0.1835	171	0.1661	3139	3310	100
5.8846-43.4529	0.2376	185	0.2019	3237	3422	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1768	0.0397	0.0791	0.0787	0.0528	0.2549	0.0111	0.1142	-0.0481	0.2191	0.0489	-0.1253	-0.0883	0.1851	0.0671	-0.0802	-0.1894	-0.311	0.1088	-0.1705	0.035	8.2954	-2.013	7.8071
2	0.5864	0.0041	-0.1353	0.6291	0.0346	0.036	0.0001	-0.3359	0.1008	0.4467	-0.0831	-0.0887	-0.1969	-0.0004	0.037	0.2983	0.0412	0.0435	0.2509	-0.0409	0.1409	-12.3563	-4.6625	13.0664
3	0.0089	0.0393	-0.0229	0.2219	0.0464	0.0503	0.0606	0.0227	-0.0301	0.2047	0.0469	0.0962	0.0158	0.0052	-0.0092	0.2248	-0.0019	0.0216	0.1927	-0.0072	0.2001	-7.6114	2.9384	4.8914
4	0.2931	0.0928	0.0247	0.0678	0.0213	0.0918	0.128	-0.2034	0.1939	0.2638	-0.0461	0.05	0.0379	-0.053	0.1079	0.6135	0.0718	-0.0174	0.1809	-0.1391	0.1358	-8.8194	7.5533	14.4365
5	0.4363	-0.0517	-0.1634	0.0072	0.0221	0.7985	0.0624	0.0641	0.1584	0.1203	-0.0438	-0.2394	-0.2517	0.0274	0.0244	0.3014	-0.0357	-0.0629	0.1232	-0.0449	0.1829	-1.9481	8.0675	5.8974
6	0.1222	-0.0184	0.057	0.081	-0.1107	0.1968	0.0385	-0.0223	0.1534	0.0793	-0.0458	-0.011	-0.1058	0.0021	0.0178	0.2249	-0.036	-0.0377	0.1268	-0.0078	0.2298	-2.3973	5.2336	-7.1519
7	0.4228	0.0195	-0.0935	0.641	-0.1118	0.5336	-0.0628	0.2402	0.2503	-0.2131	-0.0335	-0.2395	-0.0842	0.1833	0.0189	0.1642	-0.0433	0.0261	0.204	0.0198	0.2453	4.002	2.8205	-14.3219
8	0.2985	0.0215	-0.0009	0.3169	-0.0797	0.1037	0.0817	0.0384	0.1929	0.0015	-0.0883	-0.1361	0.0017	0.0344	0.0042	0.1203	-0.0304	-0.0151	0.1244	-0.0035	0.1798	0.0879	0.0913	-5.596
9	0.1058	-0.2119	0.0835	0.3638	-0.127	0.4662	0.01	0.0224	0.0799	-0.0309	-0.0116	-0.0561	0.0353	0.0732	0.001	0.1015	-0.0111	0.0094	0.1121	-0.0072	0.1366	-3.7525	-12.1927	-5.0674
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31	0.6054	0.3163	0.1283	0.3415	-0.3328	0.9366	0.064	0.2401	0.2537	0.0168	0.0701	0.0398	-0.1292	0.1638	-0.0709	0.1633	-0.0136	0.0054	0.2157	0.0176	0.1323	-5.3035	-21.7182	-48.4941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 12:35)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 36:60)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 61:83)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 84:103)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 104:139)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 140:167)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 168:189)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 190:210)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 211:275)	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 276:293)	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 12:60)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 61:103)	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 104:124)	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 125:167)	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 168:210)	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 211:275)	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 276:293)	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 11:60)	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 61:103)	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 104:210)	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 211:292)	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 12:35)	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 36:60)	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 61:85)	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 86:101)	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 102:124)	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 125:167)	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 168:188)	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 189:210)	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 211:275)	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 276:293)	D

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