PDB-3tr4: Structure of an inorganic pyrophosphatase (ppa) from Coxiella burnetii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tr4

タイトル

Structure of an inorganic pyrophosphatase (ppa) from Coxiella burnetii

要素

Inorganic pyrophosphatase

無機ピロホスファターゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Central intermediary metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tr4.cif.gz	424.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tr4.ent.gz	350.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 1fajS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fq3-2 1igp-1 3gvf-1 3fq3-1 2eip-1 420 1faj-1 1mjx-1 1mjw-1 1jfd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase

D: Inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase

F: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

122 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.910, 108.654, 74.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase / 無機ピロホスファターゼ / Pyrophosphate phospho-hydrolase 分子量: 20310.518 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_0628, ppa / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83DR7, 無機ピロホスファターゼ
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M potassium nitrate 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.9012 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9012 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 24.71 / 数: 227338 / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.41 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 63170 / % possible obs: 97.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.42	30	95.8	1	0.042	4.166	3.7
4.31	5.42	99.8	1	0.034	2.291	3.8
3.76	4.31	99.7	1	0.038	2.037	3.9
3.42	3.76	99.8	1	0.044	1.898	3.9
3.17	3.42	99.9	1	0.053	1.646	3.9
2.99	3.17	100	1	0.063	1.487	3.9
2.84	2.99	100	1	0.073	1.29	3.9
2.71	2.84	99.9	1	0.093	1.182	3.9
2.61	2.71	100	1	0.11	1.07	3.8
2.52	2.61	100	1	0.133	0.954	3.8
2.44	2.52	100	1	0.151	0.887	3.8
2.37	2.44	100	1	0.17	0.95	3.8
2.31	2.37	100	1	0.195	0.899	3.7
2.25	2.31	99.7	1	0.22	0.913	3.7
2.2	2.25	99.4	1	0.277	1.193	3.6
2.15	2.2	99.1	1	0.292	0.788	3.4
2.11	2.15	97.7	1	0.345	0.793	3.2
2.07	2.11	93.3	1	0.352	0.856	2.9
2.03	2.07	87.7	1	0.393	1.295	2.6
2	2.03	79.9	1	0.372	0.736	2.4

反射

解像度: 2→30 Å / Num. all: 64723 / Num. obs: 63170 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.41 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	2.4	0.372	2554	0.736	1	79.9
2.03-2.07	2.6	0.393	2869	1.295	1	87.7
2.07-2.11	2.9	0.352	2966	0.856	1	93.3
2.11-2.15	3.2	0.345	3167	0.793	1	97.7
2.15-2.2	3.4	0.292	3214	0.788	1	99.1
2.2-2.25	3.6	0.277	3191	1.193	1	99.4
2.25-2.31	3.7	0.22	3212	0.913	1	99.7
2.31-2.37	3.7	0.195	3223	0.899	1	100
2.37-2.44	3.8	0.17	3217	0.95	1	100
2.44-2.52	3.8	0.151	3214	0.887	1	100
2.52-2.61	3.8	0.133	3262	0.954	1	100
2.61-2.71	3.8	0.11	3231	1.07	1	100
2.71-2.84	3.9	0.093	3230	1.182	1	99.9
2.84-2.99	3.9	0.073	3239	1.29	1	100
2.99-3.17	3.9	0.063	3198	1.487	1	100
3.17-3.42	3.9	0.053	3277	1.646	1	99.9
3.42-3.76	3.9	0.044	3231	1.898	1	99.8
3.76-4.31	3.9	0.038	3239	2.037	1	99.7
4.31-5.42	3.8	0.034	3255	2.291	1	99.8
5.42-30	3.7	0.042	3181	4.166	1	95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FAJ

1faj

解像度: 2→29.463 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.837 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2256	3200	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1806	-	-	-
all	0.1829	68131	-	-
obs	0.1829	63133	97.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.671 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 220.51 Å² / B_iso mean: 42.1877 Å² / B_iso min: 14.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0661 Å²	0 Å²	2.9394 Å²
2-	-	3.2413 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6521 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.463 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7997	0	7	398	8402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.711	11167
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.075	3136

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0678	0.2972	266	0.2491	5016	5282	82
2.0678-2.1505	0.288	312	0.2297	5824	6136	95
2.1505-2.2484	0.252	305	0.2054	6117	6422	99
2.2484-2.3669	0.2807	333	0.2061	6122	6455	100
2.3669-2.5151	0.2629	296	0.2071	6138	6434	100
2.5151-2.7091	0.2682	320	0.2077	6193	6513	100
2.7091-2.9815	0.2613	329	0.2068	6156	6485	100
2.9815-3.4124	0.2415	342	0.1939	6134	6476	100
3.4124-4.2972	0.2021	343	0.1561	6147	6490	100
4.2972-29.4659	0.1745	354	0.1466	6086	6440	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7801	0.2052	0.0723	0.0908	0.0143	0.875	-0.104	0.1493	-0.2853	-0.1374	0.0086	0.0719	-0.1664	-0.0152	0.0612	0.227	-0.0578	0.064	0.185	-0.0945	0.2926	19.1776	-9.9777	3.7607
2	0.7511	-0.4151	0.7275	1.0593	-1.6857	2.7003	0.3427	0.0745	-0.6613	-0.192	0.1924	0.2022	0.5324	-0.114	-0.3948	0.3671	0.0091	-0.0855	0.2433	-0.0509	0.3469	12.6321	3.7678	2.3295
3	6.0797	1.0313	5.8719	0.2689	0.9539	5.7043	-0.0274	-0.4573	0.0579	-0.1003	-0.1238	-0.4513	0.5291	-0.8333	0.1482	0.3396	-0.015	0.0307	0.2083	-0.0341	0.253	7.5069	5.7653	14.0544
4	0.2033	-0.066	0.2093	1.3215	1.4069	2.7079	-0.0876	-0.0181	0.1037	-0.0262	-0.1078	0.2262	-0.0541	-0.292	0.1862	0.2139	-0.0215	0.0196	0.1854	-0.0279	0.2692	14.5386	-6.3553	8.0432
5	0.9493	0.6463	-0.1809	1.2067	0.7646	1.4534	-0.0967	0.0241	-0.0335	-0.0235	0.0283	0.2594	-0.0013	-0.0815	0.0705	0.239	-0.0146	0.1091	0.1772	-0.0454	0.3619	17.7364	-13.8051	10.3064
6	0.9573	-1.7904	-0.7034	3.7108	0.9221	0.7872	-0.1233	0.0097	-0.2923	0.3105	-0.0511	0.5181	0.0198	-0.1449	0.1663	0.2248	0.001	0.064	0.2885	-0.0417	0.2696	10.6292	-8.7501	20.945
7	0.3061	-0.9389	-0.3369	3.4122	1.4558	0.7275	-0.2402	-0.1262	-0.5642	-0.1232	-0.6144	1.2347	-0.0634	-0.4399	0.2945	0.2148	-0.0033	0.1718	0.4724	-0.0964	0.6482	1.4155	-8.4151	15.7722
8	1.5315	0.5236	0.1501	2.0501	1.487	2.6831	-0.5902	0.1153	-0.6546	0.2397	-0.2003	0.257	0.3665	-0.2756	-0.1498	0.243	-0.1534	0.0318	0.2896	-0.2909	0.4181	9.7522	-20.1387	0.9455
9	2.5955	0.8215	0.3696	1.0563	-0.2172	0.1795	0.218	0.4549	-0.2025	0.0844	-0.0394	-0.0186	0.1424	0.1798	-0.1126	0.2388	0.0206	-0.0083	0.2153	-0.0037	0.1948	12.1616	16.0547	-0.8303
10	1.7326	-0.6966	0.1074	0.6783	0.2676	0.76	0.0465	0.3233	0.268	-0.168	0.0091	-0.1856	-0.2873	0.2018	-0.0221	0.156	-0.004	0.0322	0.2272	0.0241	0.1588	26.405	18.0577	1.1972
11	1.0802	0.1644	-0.0202	2.024	0.6028	0.1809	0.0895	0.0569	0.1079	-0.0826	0.0382	-0.0593	-0.0494	0.01	-0.1344	0.218	0.0176	0.036	0.2136	0.0161	0.1836	13.5798	18.6003	-0.6807
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精密化 TLSグループ

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24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 159:169)	C	159 - 169
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 79:110)	D	79 - 110
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 111:140)	D	111 - 140
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 141:154)	D	141 - 154
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 155:172)	D	155 - 172
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid 5:32)	E	5 - 32
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain E and resid 33:45)	E	33 - 45
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 46:70)	E	46 - 70
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain E and resid 71:100)	E	71 - 100
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain E and resid 101:122)	E	101 - 122
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain E and resid 123:140)	E	123 - 140
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain E and resid 141:155)	E	141 - 155
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain E and resid 156:174)	E	156 - 174
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain F and resid 4:25)	F	4 - 25
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain F and resid 26:45)	F	26 - 45
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain F and resid 46:78)	F	46 - 78
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain F and resid 79:99)	F	79 - 99
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain F and resid 100:119)	F	100 - 119
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain F and resid 120:138)	F	120 - 138
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain F and resid 139:155)	F	139 - 155
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain F and resid 156:173)	F	156 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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