PDB-3tr1: Structure of a 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tr1

タイトル

Structure of a 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA) from Coxiella burnetii

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Amino acid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.3	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tr1.cif.gz	184.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tr1.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tr1_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tr1_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	3tr1_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	3tr1_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4egr-3 5wxv-1 3slh-4 1mi4-d 4egr-6 2qft-d 4egr-2 4egr-5 2pq9-d 3g7u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (9)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.026, 94.026, 233.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS 分子量: 47440.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.76 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.1M glycine pH 10.5, 0.2M lithium sulfate, 1.2M sodium hydrogen phosphate, 0.8M potassium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 21.96 / 数: 351355 / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.44 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 76948 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.42	30	91.8	1	0.052	3.284	4.6
4.31	5.42	96.9	1	0.063	3.757	4.7
3.76	4.31	95.9	1	0.066	3.512	4.7
3.42	3.76	96.8	1	0.073	3.071	4.7
3.17	3.42	97.8	1	0.082	2.576	4.8
2.99	3.17	98.2	1	0.093	2.044	4.8
2.84	2.99	98.9	1	0.103	1.661	4.7
2.71	2.84	99.6	1	0.114	1.301	4.7
2.61	2.71	99.7	1	0.128	1.063	4.7
2.52	2.61	99.4	1	0.135	0.935	4.7
2.44	2.52	99.5	1	0.158	0.788	4.7
2.37	2.44	99.6	1	0.168	0.706	4.7
2.31	2.37	99.6	1	0.195	0.608	4.6
2.25	2.31	99.6	1	0.226	0.551	4.6
2.2	2.25	99.5	1	0.242	0.485	4.6
2.15	2.2	99.7	1	0.312	0.433	4.6
2.11	2.15	99.8	1	0.334	0.399	4.6
2.07	2.11	99.3	1	0.392	0.368	4.4
2.03	2.07	97.9	1	0.427	0.36	4
2	2.03	95.7	1	0.481	0.344	3.4

反射

解像度: 2→30 Å / Num. all: 78278 / Num. obs: 76948 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.439 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	3.4	0.481	3741	0.344	1	95.7
2.03-2.07	4	0.427	3799	0.36	1	97.9
2.07-2.11	4.4	0.392	3900	0.368	1	99.3
2.11-2.15	4.6	0.334	3915	0.399	1	99.8
2.15-2.2	4.6	0.312	3914	0.433	1	99.7
2.2-2.25	4.6	0.242	3869	0.485	1	99.5
2.25-2.31	4.6	0.226	3922	0.551	1	99.6
2.31-2.37	4.6	0.195	3900	0.608	1	99.6
2.37-2.44	4.7	0.168	3867	0.706	1	99.6
2.44-2.52	4.7	0.158	3911	0.788	1	99.5
2.52-2.61	4.7	0.135	3898	0.935	1	99.4
2.61-2.71	4.7	0.128	3890	1.063	1	99.7
2.71-2.84	4.7	0.114	3901	1.301	1	99.6
2.84-2.99	4.7	0.103	3862	1.661	1	98.9
2.99-3.17	4.8	0.093	3850	2.044	1	98.2
3.17-3.42	4.8	0.082	3833	2.576	1	97.8
3.42-3.76	4.7	0.073	3794	3.071	1	96.8
3.76-4.31	4.7	0.066	3767	3.512	1	95.9
4.31-5.42	4.7	0.063	3791	3.757	1	96.9
5.42-30	4.6	0.052	3624	3.284	1	91.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→29.947 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8847 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1949	2124	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1784	-	-	-
obs	0.1793	41927	99.11 %	-
all	-	44446	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.853 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 287.78 Å² / B_iso mean: 43.7512 Å² / B_iso min: 20.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7355 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7355 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.471 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3234	0	26	276	3536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	4475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.138	1230

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0675	0.2952	206	0.2391	3835	4041	98
2.0675-2.1502	0.1908	212	0.1951	3915	4127	100
2.1502-2.248	0.2448	204	0.1882	3938	4142	100
2.248-2.3665	0.2214	206	0.1905	3964	4170	100
2.3665-2.5147	0.2026	195	0.1873	3964	4159	100
2.5147-2.7088	0.2088	227	0.1918	3968	4195	100
2.7088-2.9811	0.2159	223	0.1866	3967	4190	100
2.9811-3.412	0.2095	236	0.1877	3996	4232	99
3.412-4.2967	0.177	204	0.1608	4074	4278	99
4.2967-29.95	0.1621	211	0.1669	4182	4393	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6985	0.3249	0.7052	0.7242	-0.1124	0.4405	0.0629	-0.1216	-0.1524	0.0271	-0.047	0.1407	-0.0463	-0.196	-0.0233	0.1467	0.0205	-0.0124	0.3399	0.0249	0.2302	42.6066	46.6099	1.6604
2	1.8803	0.2051	1.2166	1.173	0.3485	0.9433	0.196	-0.9121	0.0357	0.2782	-0.1362	-0.1265	0.0524	-0.3342	-0.0333	0.2494	-0.0585	0.01	0.7061	0.0594	0.2325	39.1269	42.551	21.1758
3	4.1663	-0.335	-4.0885	0.714	-0.0032	4.3944	0.0855	-1	0.0939	0.5068	-0.0636	0.3178	-0.2085	0.0938	-0.0242	0.3503	0.0586	0.0264	0.7404	-0.116	0.3221	35.4465	54.6928	22.5301
4	0.1083	0.1599	-0.235	1.0476	0.9621	2.5631	0.094	-0.442	0.3641	0.0028	-0.1696	0.2452	-0.4862	-0.2832	0.1314	0.3002	0.0862	0.0278	0.5951	-0.1095	0.4329	34.8685	61.3284	12.642
5	0.9838	-0.1982	-0.0252	0.4158	-0.2776	1.3511	0.0175	0.0642	0.3579	0.0333	-0.0778	0.052	-0.5019	0.003	0.0559	0.3192	-0.0014	-0.0112	0.3156	0.0457	0.4091	56.6473	64.1696	1.7051
6	0.6763	-0.0875	-0.904	0.5184	0.2147	2.14	0.1182	-0.0999	0.4495	-0.1234	0.0278	-0.2496	-0.251	0.5885	-0.1255	0.3387	-0.1007	-0.0055	0.3809	0.0554	0.4712	71.4418	66.6859	5.0829
7	0.3858	0.062	-0.0592	1.0153	0.3741	1.127	0.0172	-0.0192	-0.0684	0.0759	-0.0735	-0.0545	-0.0492	0.0831	0.0561	0.1673	-0.0407	-0.0321	0.3503	0.0228	0.2577	66.4294	52.1236	13.3272
8	0.5502	0.1078	-0.7087	0.7769	-0.1307	1.032	0.0923	0.4674	-0.3366	0.0806	-0.0925	-0.0198	0.0024	-0.3111	-0.026	0.1422	-0.0225	-0.034	0.382	0.0072	0.2872	61.2531	44.6413	-2.4117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:94)	A	0 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 95:154)	A	95 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 155:182)	A	155 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 183:232)	A	183 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 233:295)	A	233 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 296:303)	A	296 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 304:408)	A	304 - 408
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 409:436)	A	409 - 436

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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