PDB-3tqw: Structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqw

タイトル

Structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Coxiella burnetii

要素

Methionine-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Transport and binding proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine import across plasma membrane / D-methionine transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqw.cif.gz	203.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqw.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tqw_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tqw_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	3tqw_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	3tqw_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ef2-1 3ir1-4 3gxa-6 3gxa-2 6dzx-1 4yah-d 3ir1-5 4ib2-1 6dzx-5 3up9-d 2xwp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionine-binding protein

B: Methionine-binding protein

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methionine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.787, 112.216, 100.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Methionine-binding protein 分子量: 26056.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: CBU_0109 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83F42
#2: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 2M ammonium sulphate, 0.2M sodium chloride, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. all: 37145 / Num. obs: 37071 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	5.6	0.405	1	100
2.03-2.07	6.8	0.359	1	100
2.07-2.11	7.1	0.3	1	100
2.11-2.15	7.2	0.265	1	100
2.15-2.2	7.2	0.244	1	100
2.2-2.25	7.2	0.223	1	100
2.25-2.31	7.2	0.21	1	100
2.31-2.37	7.2	0.194	1	100
2.37-2.44	7.2	0.17	1	100
2.44-2.52	7.3	0.161	1	100
2.52-2.61	7.3	0.145	1	100
2.61-2.71	7.3	0.118	1	100
2.71-2.84	7.3	0.113	1	100
2.84-2.99	7.3	0.095	1	100
2.99-3.17	7.3	0.078	1	100
3.17-3.42	7.4	0.062	1	100
3.42-3.76	7.3	0.052	1	100
3.76-4.31	7.3	0.045	1	100
4.31-5.42	7.3	0.043	1	100
5.42-30	6.9	0.038	1	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→17.588 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	1852	5 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.171	37038	99.81 %
all	-	38964	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.813 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3113 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.7198 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.4085 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→17.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3536	0	23	431	3990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	5197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.901	1462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	681

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.054	0.2606	134	0.2042	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.054-2.1144	0.217	138	0.1651	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1144-2.1825	0.1723	143	0.1555	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1825-2.2604	0.2006	141	0.1582	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2604-2.3507	0.2104	146	0.1695	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3507-2.4574	0.2133	131	0.1691	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4574-2.5866	0.2389	150	0.1776	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5866-2.7481	0.1858	151	0.1672	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7481-2.9593	0.2108	141	0.1848	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.2554	0.1858	127	0.173	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2554-3.7226	0.1849	135	0.1704	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7226-4.6754	0.17	155	0.146	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6754-17.5882	0.1912	160	0.1839	2842	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2468	-0.0961	0.0301	0.4588	-0.0108	0.1388	-0.0117	-0.0936	-0.0202	0.0961	-0.0167	-0.0675	0.0471	0.0647	0.0011	0.0865	0.0058	0.0082	0.1011	-0.0029	0.0804	34.3649	17.6886	26.5714
2	0.2528	-0.1667	-0.2075	0.1152	0.1016	0.3127	-0.032	0.0358	-0.1184	0.0273	-0.0242	0.0676	-0.0133	-0.0742	0.0152	0.1149	-0.0054	0.0252	0.1103	0.0076	0.1303	17.928	18.4458	37.6941
3	0.2323	0.1851	-0.1626	0.1707	-0.1348	0.1153	-0.0773	0.0266	-0.0437	0.0404	0.0913	0.1318	0.0612	-0.1059	0.0009	0.1257	-0.013	0.0772	0.1475	0.0726	0.231	7.8734	15.6279	50.1776
4	0.373	-0.1086	-0.0712	0.1399	0.1271	0.4678	-0.0399	0.0494	-0.1635	-0.0207	-0.0221	0.0677	0.0323	0.0827	0.0355	0.1295	0.0149	0.0276	0.1072	0.0148	0.13	21.2798	13.8447	39.9018
5	0.6006	0.0727	-0.0733	0.7086	0.5251	0.4211	0.0011	0.0758	-0.065	-0.0584	-0.0495	0.0115	-0.0172	-0.0329	0.024	0.1824	0.0216	0.0073	0.1526	-0.0147	0.1365	28.9492	13.1599	20.3394
6	0.0469	-0.0288	-0.0116	0.0693	0.0455	0.0533	-0.0082	-0.0075	-0.037	-0.0596	-0.0307	0.0492	0.1276	0.0541	0.0075	0.1677	0.0311	0.0025	0.096	0.0088	0.2191	31.3074	5.9791	35.093
7	0.2067	0.088	-0.0477	0.1142	0.0173	0.0501	0.0238	-0.1702	0.0374	0.0498	-0.0776	0.0018	0.0105	-0.0028	0.022	0.1155	-0.0016	-0.0059	0.1429	-0.0107	0.1038	1.5585	38.1836	60.7695
8	0.2007	0.0864	0.049	0.1542	0.0235	0.3145	-0.0053	-0.0245	-0.1445	0.0335	-0.039	-0.0051	0.1454	-0.0666	0.0082	0.1252	0.0002	0.0033	0.1125	-0.0023	0.1105	2.4694	30.6822	51.7936
9	0.2887	-0.1405	-0.168	0.1067	0.1044	0.2341	0.03	0.1127	0.0591	-0.0573	0.0106	-0.0498	-0.103	-0.0636	0.0014	0.0912	0.0164	-0.003	0.0897	-0.0046	0.0868	10.5851	39.5504	43.8202
10	0.4408	-0.0576	-0.0734	0.1982	0.0314	0.1013	-0.0205	-0.0454	-0.039	-0.146	0.1188	-0.152	-0.0592	0.064	0.0345	0.0992	-0.0532	0.0786	0.0919	-0.0076	0.1145	25.8161	40.8726	38.7661
11	0.7276	-0.0268	0.0875	0.1424	0.0655	0.3496	0.065	-0.0467	0.1503	-0.055	-0.0378	0.0091	-0.1561	-0.0863	0.0295	0.1168	0.0148	-0.0045	0.0943	-0.0225	0.0948	10.0909	44.3345	47.9732
12	0.1914	-0.0783	0.1381	0.1725	0.0752	0.4268	-0.0048	-0.0689	0.0509	0.0241	-0.0403	0.0232	-0.1288	-0.0988	0.0332	0.1512	0.0066	-0.015	0.13	-0.0063	0.1361	4.0193	47.4391	57.4881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 27:120)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 121:158)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 159:207)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 208:219)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 220:237)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 1:26)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 27:52)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 53:92)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 93:175)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 176:207)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 208:237)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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