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- PDB-3ir1: Crystal Structure of Lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ir1
タイトルCrystal Structure of Lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
要素Outer membrane lipoprotein GNA1946
キーワードPROTEIN BINDING / GNA1946 / D-methionine cultured / Lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Yang, X. / Wu, Z. / Wang, X. / Shen, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
著者: Yang, X. / Wu, Z. / Wang, X. / Yang, C. / Xu, H. / Shen, Y.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane lipoprotein GNA1946
B: Outer membrane lipoprotein GNA1946
C: Outer membrane lipoprotein GNA1946
D: Outer membrane lipoprotein GNA1946
E: Outer membrane lipoprotein GNA1946
F: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,51330
ポリマ－163,8896
非ポリマー2,62424
水12,917717
1
A: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6564
ポリマ－27,3151
非ポリマー3413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7525
ポリマ－27,3151
非ポリマー4374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9447
ポリマ－27,3151
非ポリマー6306
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7525
ポリマ－27,3151
非ポリマー4374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8486
ポリマ－27,3151
非ポリマー5335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Outer membrane lipoprotein GNA1946
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5603
ポリマ－27,3151
非ポリマー2452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.215, 122.750, 160.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane lipoprotein GNA1946


分子量: 27314.818 Da / 分子数: 6 / 断片: residues in UNP 43-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: gna1946 / プラスミド: pET-21 / 発現宿主: Escherichia coli Bl21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BMQ8
#2: 化合物
ChemComp-MET / METHIONINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Citric acid, 0.5% DDM, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月16日
放射モノクロメーター: 1.5418 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 112251 / Num. obs: 108425 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique all: 10083 / % possible all: 51.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GXA

3gxa


解像度: 2.15→29.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 140968.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 5442 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 102983 92.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.6919 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.17 Å20 Å20 Å2
2---2.8 Å20 Å2
3----2.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11370 0 144 717 12231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 532 5 %
Rwork0.242 10083 -
obs--51.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3so4.paramso4.top
X-RAY DIFFRACTION4met.parammet.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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