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- PDB-3tqp: Structure of an enolase (eno) from Coxiella burnetii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tqp
タイトルStructure of an enolase (eno) from Coxiella burnetii
要素Enolase
キーワードLYASE / Energy metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32016年2月10日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3316
ポリマ－94,0932
非ポリマー2394
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.807, 95.523, 160.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 47046.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: eno, CBU_1674 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83B44, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 40% PEG 400, 7% PEG 3000, 100 mM Tris pH 7.0, 30 mM NaOH, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 59163 / Num. obs: 58927 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.752 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.11-2.156.80.65326521.592192.2
2.15-2.197.40.49329481.5691100
2.19-2.237.40.45929101.611100
2.23-2.277.40.39229101.7041100
2.27-2.327.40.32129111.6661100
2.32-2.387.40.27829191.6621100
2.38-2.447.40.24429151.7341100
2.44-2.57.40.21429271.8121100
2.5-2.587.40.18129381.8891100
2.58-2.667.40.14629321.8351100
2.66-2.757.40.12329481.5811100
2.75-2.867.30.10629241.6441100
2.86-2.997.30.0929571.6271100
2.99-3.157.20.07829521.6371100
3.15-3.357.20.06629581.8371100
3.35-3.618.90.0929951.8741100
3.61-3.97140.10229752.0951100
3.97-4.5413.50.07729961.8611100
4.54-5.7213.20.06630481.9041100
5.72-5011.90.05432121.469199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→45.783 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8368 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 2614 5.08 %Random
Rwork0.1835 ---
all0.1853 54035 --
obs0.1853 51421 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.042 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 314.41 Å2 / Biso mean: 53.8215 Å2 / Biso min: 16.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2829 Å20 Å20 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3---2.4829 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6304 0 12 198 6514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8778693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.082371
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.27860.27892510.208548285079
2.2786-2.36990.26232380.192948285066
2.3699-2.47770.25912700.199548095079
2.4777-2.60830.27452340.194648485082
2.6083-2.77170.23752610.191148335094
2.7717-2.98570.26132570.204648715128
2.9857-3.28610.2652620.2148795141
3.2861-3.76140.22322500.187248815131
3.7614-4.73820.17243050.150748925197
4.7382-45.79310.19882860.180451385424
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6470.69480.4011.2246-0.3181.0735-0.02040.00890.2569-0.11880.15550.4627-0.0463-0.159-0.09250.16390.0228-0.01450.28770.10290.34288.752542.702458.7726
21.11570.31850.6261.60160.31691.4413-0.0444-0.06040.0027-0.12340.18010.63370.0437-0.4921-0.12510.1566-0.0331-0.01530.33260.15080.34675.783935.434159.953
31.2012-0.124-0.81141.9743-0.80641.3623-0.2690.463-0.10570.0105-0.2069-0.27050.02450.08430.31250.1641-0.057-0.03680.42090.13240.262236.076236.890870.2189
42.87360.57841.18991.34520.04561.0440.01950.6279-0.2143-0.1478-0.0489-0.36660.10120.57280.07090.23950.07950.03640.48690.08650.288937.333721.824367.3311
50.6254-0.15090.03972.1242-0.20560.9231-0.0029-0.07510.04360.1050.04390.1607-0.0049-0.125-0.04880.1544-0.00580.03350.28710.09460.182820.555330.973272.5057
62.82450.3760.41440.8286-0.56712.0610.0806-0.27230.54670.3955-0.1218-0.073-0.7701-0.1180.02370.54590.0528-0.01370.2522-0.0450.447224.382964.262271.5711
72.55940.0173-1.32891.41020.12050.5304-0.76060.6312-0.46430.39070.54460.08340.2557-0.05040.18650.37490.0052-0.0620.23670.17230.434325.826456.442247.0981
82.13721.5311-1.09035.8968-0.08351.1538-0.36010.211-0.3358-0.54730.363-1.12530.21010.03340.02710.42120.00180.10040.34110.03280.442433.443548.053841.8023
97.5955-2.31230.13591.91861.43581.9170.2569-1.69291.5637-0.2171-0.1641-0.26090.22720.1905-0.28880.4520.10740.40060.7229-0.05981.087252.688259.432744.0607
102.17481.0122-0.11883.4080.3021.2848-0.18670.10070.3045-0.35190.2256-0.4507-0.42950.0148-0.0590.349-0.03070.03060.20190.13510.400431.001864.354647.639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:46)A2 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 47:138)A47 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 139:201)A139 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 202:306)A202 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 307:426)A307 - 426
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 2:138)B2 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 139:160)B139 - 160
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 164:251)B164 - 251
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 254:260)B254 - 260
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 261:425)B261 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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