+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rv2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of S-adenosylmethionine synthetase from Mycobacterium marinum | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / SAM / S-adenosylmethionine / AdoMet / AdoMet synthase / methyl donor / methylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets. 著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 297.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 240.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3gvcC ![]() 3gvgC ![]() 3gwcC ![]() 3h7fC ![]() 3h81C ![]() 3he2C ![]() 3hwiC ![]() 3hwkC ![]() 3hzgC ![]() 3icoC ![]() 3khpC ![]() 3llsC ![]() 3moyC ![]() 3mpzC ![]() 3mybC ![]() 3ndnC ![]() 3ndoC ![]() 3nf4C ![]() 3ng3C ![]() 3njdC ![]() 3nwoC ![]() 3o0mC ![]() 3o38C ![]() 3oc6C ![]() 3oc7C ![]() 3oi9C ![]() 3oksC ![]() 3omeC ![]() 3p0tC ![]() 3p2yC ![]() 3p4iC ![]() 3p4tC ![]() 3p5mC ![]() 3p85C ![]() 3pe8C ![]() 3pk0C ![]() 3ppiC ![]() 3pzyC ![]() 3q1tC ![]() 3q8nC ![]() 3qbpC ![]() 3qdfC ![]() 3qhaC ![]() 3qivC ![]() 3qk8C ![]() 3qkaC ![]() 3qljC ![]() 3qmjC ![]() 3qreC ![]() 3quaC ![]() 3quvC ![]() 3qxiC ![]() 3qxzC ![]() 3qyrC ![]() 3r0oC ![]() 3r1iC ![]() 3r1jC ![]() 3r20C ![]() 3r2nC ![]() 3r4tC ![]() 3r6hC ![]() 3r6oC ![]() 3r7kC ![]() 3r8cC ![]() 3r9pC ![]() 3r9qC ![]() 3r9rC ![]() 3r9sC ![]() 3r9tC ![]() 3rd5C ![]() 3rd7C ![]() 3rd8C ![]() 3rfqC ![]() 3rihC ![]() 3rr2C ![]() 3rr6C ![]() 3rrpC ![]() 3rrvC ![]() 3rsiC ![]() 3s82C ![]() 3sbxC ![]() 3sf6C ![]() 3sllC ![]() 3svkC ![]() 3svtC ![]() 3swoC ![]() 3swtC ![]() 3swxC ![]() 3t3wC ![]() 3tavC ![]() 3tcrC ![]() 3tdeC ![]() 3tjrC ![]() 3tl3C ![]() 3tlfC ![]() 3trrC ![]() 3tx2C ![]() 3tzqC ![]() 3tzuC ![]() 3u0aC ![]() 3ucxC ![]() 3uveC ![]() 4di1C ![]() 4dieC ![]() 4dq8C ![]() 4dxlC ![]() 4ed4C ![]() 4egeC ![]() 4egfC ![]() 4emdC ![]() 4eo9C ![]() 4eyeC ![]() 4f3wC ![]() 4f47C ![]() 4ffcC ![]() 4gk6C ![]() 4hdtC ![]() 4hr3C ![]() 4i1yC ![]() 4ijnC ![]() 4iv6C ![]() 4iz9C ![]() 4j5iC ![]() 4kamC ![]() 4lgvC ![]() 4o2dC ![]() 3imlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43432.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: M / 遺伝子: metK, MMAR_2205 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MymaA.01625.a.A1 PW30103 at 40.19 mg/mL against JCSG+ screen condition E11, 0.16 M calcium acetate, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 14.4% PEG 8000, 20% glycerol and 25% ethylene glycol as ...詳細: MymaA.01625.a.A1 PW30103 at 40.19 mg/mL against JCSG+ screen condition E11, 0.16 M calcium acetate, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 14.4% PEG 8000, 20% glycerol and 25% ethylene glycol as additional cryo-protectant, crystal tracking ID 220762e11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 62515 / Num. obs: 61471 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 26.298 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 50.99 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3IML 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.1741 / WRfactor Rwork: 0.1464 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9027 / SU B: 6.052 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.1367 / SU Rfree: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.82 Å2 / Biso mean: 21.4777 Å2 / Biso min: 5.9 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|