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Yorodumi- PDB-5ugh: Crystal structure of Mat2a bound to the allosteric inhibitor PF-0... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ugh | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mat2a bound to the allosteric inhibitor PF-02929366 | |||||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Mat2A / SAM / methionine adenosyltransferase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.062 Å | |||||||||
Authors | Kaiser, S.E. / Feng, J. / Stewart, A.E. | |||||||||
Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2017 Title: Targeting S-adenosylmethionine biosynthesis with a novel allosteric inhibitor of Mat2A. Authors: Quinlan, C.L. / Kaiser, S.E. / Bolanos, B. / Nowlin, D. / Grantner, R. / Karlicek-Bryant, S. / Feng, J.L. / Jenkinson, S. / Freeman-Cook, K. / Dann, S.G. / Wang, X. / Wells, P.A. / Fantin, V. ...Authors: Quinlan, C.L. / Kaiser, S.E. / Bolanos, B. / Nowlin, D. / Grantner, R. / Karlicek-Bryant, S. / Feng, J.L. / Jenkinson, S. / Freeman-Cook, K. / Dann, S.G. / Wang, X. / Wells, P.A. / Fantin, V.R. / Stewart, A.E. / Grant, S.K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ugh.cif.gz | 577.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ugh.ent.gz | 478.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ugh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2p02S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43864.754 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAT2A, AMS2, MATA2 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-8AJ / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 13, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.062→38.14 Å / Num. obs: 96483 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03252 / Net I/σ(I): 13.92 |
Reflection shell | Resolution: 2.062→2.135 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3049 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 99.94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2P02 Resolution: 2.062→38.136 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / Phase error: 23.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.062→38.136 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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